随着玉米在世界各地的传播,对当地环境的选择导致了变异,但对基因组差异的影响尚未被量化。Hufford等人通过制作玉米巢式关联图谱嵌板,使用26个品系的高质量基因组序列,绘制了重要性状图谱,并展示了玉米的多样性。通过检测不同材料的RNA和基因甲基化,作者确定了一组玉米核心基因。除了这一核心组,跨品系的比较分析确定了...
从2009 年第一个玉米近交系 B73 的基因组公布时起,B73 一直作为玉米的主要参考基因组,然而B73 基因组只占有完整玉米泛基因组 63% 至 74% 的基因,其所包含的遗传信息不全面,对于玉米基因组的解析具有一定的局限性。2021年,Hufford等人在Science 在线发表题为“26 个不同玉米基因组的从头组装、注释和比较分析”...
以安全有效的方式生产出具有工业吸引力的卤化分子。他们建立了一个共培养系统，该系统使用混合和匹配技术来提供差异化的下游卤化类型和位置，从而实现了各种卤化分子的组合途径组装，并最终在葡萄糖中从头合成了 26 种不同的卤化分子。
因此,研究团队首先评估了卤化酶和黄素还原酶辅因子再平衡对的合成表达,他们使用不同的表达方案对卤化酶 Th-Hal 和黄素还原酶 Th-Fre 和 EcFre 进行了评估,结果表明,原生黄素还原酶(EcFre)的表达水平不足以进行高水平的卤代色氨酸生产,而表达一个异源的、热稳定性更佳的黄素还原酶(ThFre)对于卤代色氨酸的...
研究人员为了解拟南芥中lncRNA的转录情况,使用新测的和公开的RNA-seq数据进行分析,这些数据包含499份拟南芥的5个不同组织及发育阶段(幼苗、9叶莲座期、14叶莲座期、花和花粉)。将所有样本的RNA-seq数据比对到TAIR10基因组,分别组装每个品系和组织的转录组,然后使用一...
g,MaSIF位点与SPIDER和PSIVER预测器对一组53个单链瞬时相互作用的比较。结果显示为每个蛋白质的 ROC AUC 中位数,在每个残基的基础上进行评估,以便与其他预测因子进行比较。 MaSIF-site 在大量蛋白质结构数据集上进行了训练和测试,这些蛋白质结构在全息状态下共结晶并分离成单体亚基。训练集和测试集根据序列和结构...
在玉米基因组中 LTR 占基因组含量高达 75% ,山苍子基因组中 LTR 占比高达 47%,所以基因组 LTR 的鉴定尤为重要。反转录转座子根据转座元件结构的完整性和转座特点可分为自主元件(编码转座酶)和非自主元件(自身不编码转座酶)。非自主转座元件...
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最后一步是计算:比对/拼装测序reads到转录本,计数与转录本比对上的reads数定量,样本间过滤和标准化,样本组间基因/转录本统计差异分析。 早期的RNA-seq实验从细胞群(如来源于某个组织或器官的细胞)中得到DGE数据,并可以应用于很多物种,如玉米(Zea mays),...