续费VIP 立即续费VIP 会员中心 VIP福利社 VIP免费专区 VIP专属特权 客户端 登录 百度文库 其他 16s rdna基因v3~v4区引物序列正向引物16S rDNA基因V3-V4区引物序列正向引物是5'-CCTACGGGAGGCAGCAG-3'。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
1) 查找保守区域：通常情况下，V3区域的大致位置是在全长序列的500-600碱基处，V4区域在全长序列的800...
为了缓解这种情况,测序方法通常采用经过修改的定制引物或增加测序深度等方法来提高保真度,此外新的靶向测序方案也使得二代测序平台成为更具成本效益的方案。 优化和减少偏差 尽管有这些优点,二代测序和纳米孔测序技术都有其局限性,包括由不同的引物组和测序平台引入的偏差。例如,研究表明,纳米孔平台上的 V3-V4 区域引...
19中华人民共和国国家知识产权局1发明专利申请10申请公布号43申请公布日1申请号01911344318.0申请日019.1.471申请人杭州欣禾工程管理咨询有限公司地址310000浙江省杭州市滨江区滨安路1358号1幢139室7发明人李杰 74专利代理机构浙江专橙律师事务所33313代理人朱孔妙51Int.Cl
本制品是使用Illumina公司MiSeq对细菌丛16S rRNA进行解析时使用的PCR扩增试剂盒。以细菌16S rRNA基因的V3-V4区域为对象,使用对多样序列能有效扩增的PCR酶Tks Gflex™DNA Polymerase进行扩增。 引物是采用设计在常用的高效扩增区域(V3-V4)上的341F、806R(见图1),在引物的5’端连有Illumina MiSeq用的overhang序列...
针对不同可变区域(V -region)范围(V1-V2、V1-V3、V3-V4、V4、V4- v5、V6-V8、V7-V9)进行研究,以了解由于引物选择不同导致的结果差异。 考察了聚类方法(操作分类单位[OTUs]、零半径OTUs [zOTUs]和扩增子序列变异[ASVs])、不同数据库(GreenGenes、the Ribosomal DatabaseProject、Silva、基于基因组的16S rRN...
传统的认知中,普遍认为测序片段越长,测到物种数据就越多,故倾向选择16S V3V4。然而16S V4(515-806)引物通用性相对是所有可变区中最高的。且在大规模菌群调查研究中,如人体菌群研究HMP,地球微生物计划EMP,欧洲的FGFP、美国肠道计划AGP以及全球土壤菌群调查,都采用V4区作为检测区域。16S V4目前仍然是国际研究中使用...
在前篇《漫谈16S的前世今生》中也提到了,可反映细菌亲缘关系的16S基因含有9个可变区。其中V4区是指第四个可变区,一般是指515~806bp这个区域,长度约为290bp。而V3-V4区是指第三和第四两个可变区,一般是指341~805bp这个区域,长度约为460bp。 目前大部分公司和实验室都是采用以下两对引物扩增V4区和V3-V4区。
16S(V3V4)细菌扩增子建库试剂盒利用高通量测序技术对16S rDNA中V3-V4区片段进行扩增,结合生物信息学技术,检测特定环境下的微生物(主要是细菌),鉴定所检细菌种类,提供环境样本物种分类、物种丰度、种群结构、系统进化等诸多信息。本试剂盒中包含进行细菌16S rDNA扩增的所有试剂,16S扩增引物F/R用于扩增细菌16S rDNA前50...
同时，对于目标扩增子区域的选择，我们通常聚焦于16S rRNA基因的V3-V4区域或18S rRNA基因的V4区域，这些区域包含丰富的微生物多样性信息。在准备DNA片段进行测序时，引物设计是一个至关重要的环节，它直接影响到扩增的效率和特异性。在扩增子测序文库的构建过程中，选择适当的引物对至关重要。引物设计需依据目标片段的...