目前最主要的可变区选择是V4区和V3V4区,V4区长度为256bp左右,加上两侧引物长度为290bp左右,使用双端2x250bp或2x150bp可以测通,此外如454、life、Illumina Hiseq 4000的测序平台读长也可以主要涵盖该区段读长。例如采用Illumina Hiseq测序平台对该项目进行双端测序(Paired-end),测序得到了fastq格式的原始数据(样本...
V3-V4区片段长度在425bp左右,因此可以保证将该区域测通并留有一定长度的overlap重叠区。通过重叠区将双向测序所得的read1和read2组装得到较长序列。 当然,在组装之前,需要先对下机reads(即raw reads)进行质控。所谓质控,即去除不合格的reads,包括被...
V3-V4区域是16S rRNA基因中最常用的扩增区域之一，因为这两个区域具有足够的可变性来区分不同的细菌种类...
基于大量项目经验和文献调研, 目前最主要的可变区选择是V4区和V3V4区,V4区长度为256bp左右,加上两侧引物长度为290bp左右,使用双端2x250bp或2x150bp可以测通,此外如454、life、Illumina Hiseq 4000, Illumina Novaseq 6000的测序平台读...
V3-V4区的长度是单V4区的1.6倍。 长度代表了什么?代表了可用于鉴别物种的信息位点。长度越长,可用于反映细菌亲缘关系的位点数越多。 打个比方,16S就如同人类的指纹,识别16S全长序列就可以把所有的菌区分开来(实际上是做不到的,这个以后再细讲);V3-V4区就只代表了细菌指纹的一部分,只能识别部分菌;而单V4区就...
不同的V区会对原核微生物群落结构的分析结果产生明显的影响。 V1-V3(长度525bp),454平台 V3(长度~200bp),illumina Miseq平台(PE125) V3-V4(长度464bp),illumina Miseq平台(PE300),该平台可完整覆盖该区域,对细菌的覆盖率较高[常用]。 V4-V5(长度~303bp),illumina Miseq平台(PE250),其特异性较好,具有...
原核16S rRNA序列包含10个保守区和9个高变区。在分析中，选择不同的可变区域对原核微生物群落结构的分析结果有显著影响。例如，V1-V3区域长度约为525bp，适合于使用454平台；V3区域约200bp，适用于Illumina Miseq平台的PE125；V3-V4区域长度为464bp，适用于Illumina Miseq平台的PE300，提供较高细菌...
原核微生物的16S rRNA基因长度约为1500 bp,二代测序平台对应扩增引物一般选用V3-V4区域或V4区域,三代测序平台可选用全长扩增引物(27F/1492R)。 图1. 16S rDNA基因序列组成示意图 (蓝色为可变区,白色为保守区) 02 18S rDNA测序 18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。对 18S rDNA某个高变区进行...
长读长,二代测序读长只能达到几百bp,而PacBio测序读长可达几十甚至上百kb。对于长度约为 1542bp 的16S rRNA基因,二代测序只能对部分区域如V4、V3V4、V4V5区进行测序,而PacBio测序可轻松跨越16S rRNA基因的全长序列。 高准确度,PacBio CCS模式获得的 HiFi Reads(High fidelity reads)自我矫正准确性高达99%以上...