单细胞分离:主要包括荧光激活细胞分选法( flow- activated cell sorting ,FACS) 以及微流控分选法( microfluidics) 等。市场上,较成熟的商业单细胞测序公司主要有 10X Genomis 公司 的Chromium( 液滴法) 及 BD 公司的Rhapsody( 微孔法)。 这里重点介绍 10×genomics技术。 首先在凝胶微珠上种上特定的DNA片段,DN...
10X Genomics单细胞的是一个综合的单细胞分离及文库构建平台,可以应用于多种单细胞测序上,包括Singlecell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV,Single cellATAC;可以过UMI条形码和Microfluidics微流体技术一次分离并标记100-10000个细胞,测序通量通常为50000reads/per cell左右。 10XGenomics平台...
单细胞测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平进行转录组学分析的技术。在单个细胞的分辨率下,科学家能真正的定义细胞类型特定的基因表达,分辨出细胞的异质性。这是过去RNA-seq所无法企及的。 在众多的单细胞测序平台中,10×genomics最受欢迎表现最亮眼。其采用了基于微滴的微流体技术来分选细...
(5)真正意义的单细胞测序:单个GEMs捕获到多个细胞的概率极低(<0.9%/1000cells)。 (6)性价比高:与其它单细胞测序平台相比,性价比更高。 (7)细胞可适性高:对细胞大小(直径超过40μm细胞需要制备细胞核)及细胞类型(组织类细胞、免疫细胞、血液细胞、癌组织细胞...
单细胞建库测序流程 单细胞测序的三个基本步骤。 小果会从样本的制备开始,然后讲解10×genomics文库构建和测序的原理及其优势。 单细胞样本制备 单细胞样本的制备有以下几种方法。 1.Limiting dilution极限稀释 这一种常用的技术,手动使用移液器通过稀释分离单个细胞。这种方法效率比较低。 2.Micromanipulation显微操纵术...
10×Genomics技术是由10×Genomics公司和FredHutchinson癌症研究中心开发出一种单细胞RNA测序方法,该技术可实现数千个细胞的快速高效标记、测序和分析,可以全面对接Illumina测序仪,获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况,实现细胞群体的划分与细胞群体间差异表达基因的检测。
图1. 10×Genomics 单细胞测序研究流程 单细胞测序常见的实验验证手段有:RNA FISH。免疫荧光实验和单细胞SMART-qPCR、以及针对新的marker基因及富集的信号通路进行功能验证。RNA FISH可以观察到marker基因标记的亚细胞群体在组织中的定位,同时结合特异性表面蛋白标记的特定亚细胞群体,结合免疫荧光实验,也可以观察到细胞在组...
图2.10×genomics测序原理 ◎基于微孔板的BD Rhapsody BD Rhapsody技术利用卡式芯片在磁性的寡核苷酸条形码标记微球上实现单细胞捕获和 mRNA 转录本的分子标签,然后将这些微球合并到单个管中用于 cDNA 扩增和文库构建。可满足 100~10,000 个细胞的自动分选、扩增及建库...
3.单细胞测序(10×genomics技术)的原理(数据产生) 单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。待测组织经过单细胞分离、RNA 提取、逆转录、文库构建和测序,便可利用数据分析(cellraner+seurat等)获得多个细胞的基因...
10X Genomics单细胞平台是一个综合的单细胞分离及文库构建平台，适用于多种单细胞测序应用，包括单细胞基因表达、单细胞免疫表型、单细胞CNV和单细胞ATAC。通过UMI条形码和Microfluidics微流体技术，一次分离并标记100-10000个细胞，测序通量通常为50000reads/per cell。10XGenomics平台的高通量单细胞RNA-seq技术...