图1. 10×Genomics 单细胞测序研究流程 单细胞测序常见的实验验证手段有:RNA FISH。免疫荧光实验和单细胞SMART-qPCR、以及针对新的marker基因及富集的信号通路进行功能验证。RNA FISH可以观察到marker基因标记的亚细胞群体在组织中的定位,同时结合特异性表面蛋白标记的特定亚细胞群体,结合免疫荧光实验,也可以观察到细胞在组...
Lukowski SW通过对捐献者的眼角膜进行10×Genomics单细胞转录组测序,通过对高通量的数据进行生信分析,鉴定出MALAT1基因在外核层的杆状感光细胞中存在较大的表达差异,为了验证这一结果,设计实验针对MALAT1蛋白进行面应荧光实验,荧光原位杂交结果与单细胞测序结果数据相符合(Lukowski SW,2018;doi:10.15252/embj.2018100811)...
结果发现culster 1和culster 13这两个亚群是细胞数目最多的两个亚群,但是基因的表达数目和表达量反而是最低的。一般来说,细胞的体积越大,它的转录可能越活跃,这里作者发现culster 1和culster 13虽然细胞数目上比重较大,但是基因表达较低,因此作者推测这两个culster可能是微型视网膜神经节细胞。 图6 | marker基因...
免疫荧光实验通过标记特定细胞表面蛋白，实现对细胞在组织中的定位观察。Lukowski SW通过这一方法验证了MALAT1基因在人视网膜特定细胞群中的高表达，与单细胞测序结果相吻合。此技术有助于明确基因表达与细胞位置的对应关系。单细胞SMART-qPCR结合细胞分选技术，可以提供更深入的基因表达分析。Hammond TR通过此...
单细胞 RNA 测序(Single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是一种在单细胞水平上利用 RNA 测序对特细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术。待测组织经过单细胞分离、RNA 提取、逆转录、文库构建和测序,便可利用数据分析获得多个细胞的基因表达谱。 1.单细胞测序与普通转录组测序的区别 ...
10×Genomics技术是由10×Genomics公司和FredHutchinson癌症研究中心开发出一种单细胞RNA测序方法,该技术可实现数千个细胞的快速高效标记、测序和分析,可以全面对接Illumina测序仪,获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况,实现细胞群体的划分与细胞群体间差异表达基因的检测。
图2.10×genomics测序原理 ◎基于微孔板的BD Rhapsody BD Rhapsody技术利用卡式芯片在磁性的寡核苷酸条形码标记微球上实现单细胞捕获和 mRNA 转录本的分子标签,然后将这些微球合并到单个管中用于 cDNA 扩增和文库构建。可满足 100~10,000 个细胞的自动分选、扩增及建库...
单细胞测序技术以单个细胞作为对象，通过对单个细胞遗传物质均匀扩增，标记建库后进行测序，最后对单个细胞基因组或转录组展开数据分析，其技术原理主要包括单细胞分离、扩增测序和数据分析3方面。单细胞分离：主要包括荧光激活细胞分选法( flow- activated cell sorting ，FACS) 以及微流控分选法( microfluidics...
10X Genomics单细胞平台是一个综合的单细胞分离及文库构建平台，适用于多种单细胞测序应用，包括单细胞基因表达、单细胞免疫表型、单细胞CNV和单细胞ATAC。通过UMI条形码和Microfluidics微流体技术，一次分离并标记100-10000个细胞，测序通量通常为50000reads/per cell。10XGenomics平台的高通量单细胞RNA-seq技术...
高通量 八个样本 ,一个样品可进行 1000-10000个细胞 转录组分析; 10x Genomics Chromium ™能够以高通量、低价格和单分子分辨率研究单个细胞表达谱,自上市以来迅速 占领单细胞测序 市场,已连续发表很多篇高分文章,包括Nature、Cell、Nature method、Cell stem cell、Nature neuroscience、Science immunology等。 周期短...