RNA高通量测序（RNA-seq）是转录组测序技术的一种，可以对mRNA、smallRNA和NONcoding RNA等进行测序分析，反映出它们的表达水平。其应用范围包括检测所有mRNA表达量的差异、检测RNA的结构上的差异，以及基因单点突变导致的SNP等。
转录组测序RNA-Seq是基于二代测序技术的转录组学研究方法:首先提取生物样品的全部转录的RNA并进行mRNA富集,然后反转录为 cDNA后进行的高通量测序,在此基础上进行片段的拼接组装,从而可得到一个个的转录本,进而可以形成对该生物样品当前发育状态的基因表达状况的全局了解。不同阶段或部位的生物样品的RNA-Seq转录组进行...
RNA-Seq技术简介RNA-Seq技术背景多种高通量RNA-Seq技术方法高通量RNA-Seq技术应用及前景主要内容测序方法的发展RNA-Seq原理RNA-Seq技术优势454测序技术SOLiD技术HeliScope测序技术Solexa测序技术主要内容测序方法的发展RNA-Seq原理RNA-Seq技术优第一代测序技术 1954年,首次利用多聚核糖核苷酸链的降解法实现DNA测序 第一代...
基因表达的帽分析 (CAGE或CAGE-seq) 和RNA-Seq是两个关键用于研究转录组、转录本结构或所有转录组的方法细胞中的RNA分子。CAGE通过以下方式测量转录本的丰度 对加帽RNA分子的5'末端进行测序,这些分子是经过处理的准备翻译的mRNA形式。5'帽是一种独特的结构,可在大多数真核mRNA的5'末端,使其成为 转录组分析。CAG...
这使得高通量测序技术在基因组学、转录组学等领域得到了广泛应用。灵活性：高通量测序技术可以应用于多种不同类型的样本和实验设计，例如全基因组测序、外显子测序、RNA-seq等。此外，该技术还可以与多种其他分子生物学技术相结合，如ChIP-seq、甲基化测序等，从而进一步扩展了其应用范围。
在基因组分析上更进一步,我们会对基因表达,可变剪切,基因结构变化等内容感兴趣。所以我们需要使用到转录组测序,即RNA-seq。也就是从总的RNA中富集出单链mRNA,再反转录成双链cDNA,随后进行高通量测序,并与基因组DNA序列进行比对。 通过RNA-seq,还可以发现新的转录物。长链非编码RNA(lncRNA)是当前研究的热点,其功...
我们在介绍公共数据库的时候,经常会提到RNA-seq、Chip-seq、甲基化芯片等,对于不了解高通量测序的同学而言,不是很清楚这些都具体是什么。这里就很简单,目的性极强的介绍一下。 测序技术分类 高通量测序技术主要还是基于二代测序来进行检测的。二代测序的目的是检测核苷酸(ATCG)序列。基于这个原理,我们对于高通量的检...
基于PacBio三代测序平台的全长转录组测序(Iso-Seq),可直接获得mRNA的全长序列,可更为准确地解读mRNA的结构信息。 3.LncRNA测序 长链非编码RNA (LncRNA)是一类长度超过200nt的RNA,它们本身并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。近年来的研究表明...
RNA-Seq技术广泛应用于研究基因表达谱的变化,可以大规模地测定细胞或组织中各种RNA转录本的相对表达量,进而探究基因表达调控策略、疾病进展机制和药物治疗反应等。例如,在研究肺癌和乳腺癌中,使用RNA-Seq技术可以检测出多种剪接异构体的表达情况,并通过群体谱聚类分析来鉴定新的癌症亚型。 基因结构和功能研究 RNA-Seq技...