干货分享,GSEA通路富集图分析要怎么看?一、统计显著性 ①图中展示了在药物处理条件下血液基质代谢基因集的富集分析,其中绿色曲线反映了富集得分的变化趋势。 ②根据结果,NES值为2.43,表明在药物处理组中血液基质代谢基因集呈现显著正向 - 嘉嘉搞科研于20241203发布在
一、P值和校正P值(如FDR): 1.KEGG分析的结果通常会提供一个P值,表示每个通路富集的显著性水平。更低的P值指示更强的统计显著性。 2.由于进行了多次假设检验,因此还会提供校正后的P值(如FDR - False Discovery Rate),以控制类型I错误。较低的校正P值通常表示该通路更可能真正与您的条件相关联。 二、富集比...
在分析结果中，通过颜色编码识别显著富集的通路或途径。通常，颜色越深表示富集程度越高。结合统计指标如P值或FDR（False Discovery Rate）评估富集的显著性。通过KEGG富集分析，研究者能深入理解基因表达变化背后的生物学机制，揭示可能的疾病相关通路或生物学过程。分析结果为后续的实验设计、药物研发及疾病治...
这种分析方法依托的是由Kanehisa实验室在1995年开发的KEGG数据库,全称为 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书)。它拥有多个子数据库,包含基因组,生化反应,生化物质,疾病与药物,以及最常用PATHWAY通路信息。 KEGG富集通路图 对应符号含义...
结合具体案例怎么看? ①表头:富集通路名称,即RUTELLA对HGF UP的回应 ②Enrichment Score (ES):一项指标(富集分数),用于量化基因集成员S在排序列表L两端的富集程度,以反映其在特定条件下的显著性和相关性 ③排名指标 ④图例 NES:标准化后的富集分数 FDR:假发现率(PS.一般认为|INES|>1,p-val<0.05,FDR q-val...
干货分享,GSEA通路富集图分析要怎么看?一、统计显著性 ①图中展示了在药物处理条件下血液基质代谢基因集的富集分析,其中绿色曲线反映了富集得分的变化趋势。 ②根据结果,NES值为2.43,表明在药物处理组中血液基质代谢基因集呈现显著正向富集,暗示整个基因集对药物做出了响应。
结合具体案例怎么看? ①表头:富集通路名称,即RUTELLA对HGF UP的回应 ②Enrichment Score (ES):一项指标(富集分数),用于量化基因集成员S在排序列表L两端的富集程度,以反映其在特定条件下的显著性和相关性 ③排名指标 ④图例 NES:标准化后的富集分数 FDR:假发现率(PS.一般认为|INES|>1,p-val<0.05,FDR q-val...
结合具体案例怎么看? ①表头:富集通路名称,即RUTELLA对HGF UP的回应 ②Enrichment Score (ES):一项指标(富集分数),用于量化基因集成员S在排序列表L两端的富集程度,以反映其在特定条件下的显著性和相关性 ③排名指标 ④图例 NES:标准化后的富集分数 FDR:假发现率(PS.一般认为|INES|>1,p-val<0.05,FDR q-val...
结合具体案例怎么看? ①表头:富集通路名称,即RUTELLA对HGF UP的回应 ②Enrichment Score (ES):一项指标(富集分数),用于量化基因集成员S在排序列表L两端的富集程度,以反映其在特定条件下的显著性和相关性 ③排名指标 ④图例 NES:标准化后的富集分数 FDR:假发现率(PS.一般认为|INES|>1,p-val<0.05,FDR q-val...