常见结合转录组数据的xGWAS方法如下: 1.TWAS:Tranome-Wide Association Study,全转录组关联研究,把转录表达作为遗传变异和表型之间的中介,建立受遗传调控的基因转录表达与性状之间的关系,目前主要应用于人类疾病研究。先通过数据库中的基因型和表达量数据训练模型,以达到从基因附近的遗传变异的等位基因频率预测基因表达水...
GWAS是对多个个体在全基因组范围的遗传变异(标记)多态性进行检测,获得基因型,进而将基因型与可观测的性状(即表型),进行群体水平的统计学分析,根据统计量或显著性 p 值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异(标记),挖掘与性状变异相关的基因。 如何将转录组和GWAS联合分析?接下来以一篇4分+纯生信文章为例来看学习一...
转录组测序发现SOSTDC1在ALC羊毛羔羊皮肤中的表达量是MF的数十倍,并且是所有差异表达基因中最高的。与粗毛/细毛品种的转录组类比显示,ALC/MF在产后羔羊阶段的差异表达基因和富集途径与前者在胚胎阶段的高度相似。进一步实验验证了SOSTDC1基因在初生羊毛毛囊的真皮乳头核中特异性高表达。 结论:在本研究中,我们对差异...
输入文件:PlantTFDB网站对全基因组蛋白序列的鉴定结果 文件名:TF_and_best1_in_Ath.list(还是上面的那个转录因子预测文件) 文件内容如下: 图片.png library(tidyverse)# 1.读取数据df<-read_tsv('TF_and_best1_in_Ath.list',comment='#',col_names=F)# 只保留前两列df<-select(df,X1:X2) 然后是获得...
FINNGEN、IMSGC和IPSCSG在内的大型欧洲GWAS的数据，使用双样本孟德尔随机化（TSMR）来调查PM10、PM2.5、NO2和NOX在15种自身免疫性疾病（中的作用，并通过多变量孟德尔随机化（MVMR）调查每种空气污染物的直接影响以及共同因素的介导作用，包括体重指数（BMI）、酒精、吸烟状况和收入；后续进行全转录组关联研究（TWAS...
2. 单个参考基因组不能代表该物种全部的基因多样性,而泛基因组组装成本较高,因此考虑用采用泛转录组组装的方式,既能降低成本,又兼具检测基因组变异和基因表达差异的能力。本文为首次在茶树中应用泛转录组测组装策略。 3. 由于QTL定位和GWA...
本研究通过对251份陆地棉材料进行 GWAS 分析，鉴定到28个与异源四倍体棉中纤维质量相关的遗传位点。为进一步解析这些位点调控纤维品质的机制，对这251份材料15DPA的纤维进行了转录组分析，鉴定得到了15,330个 eQTL 位点。利用近端 eQTL 和 GWAS 数据进行 TWAS 分析，优化得到13个可能的纤维品质因果基因。...
于是就从GTEx和Franke lab上下载了205个组织的转录组表达数据,为了方便可视化,作者将组织分成9个类别进行分析。GWAS数据的主要来源是UK Biobank和Brainstorm Consortium, 分析时去除了位于HLA区域内的位点,因为该区域不寻常的遗传结构和连锁不平衡模式。初步分析结果如下图,48个性状中有34个至少富集在一个组织或细胞...
佳学基因GWAS分析中基于生物学注释、基因和转录组的关联分析 佳学基因使用多种生物信息学方法来进一步明确GWAS基因检测发现的有重要意义的位点。首先,佳学基因生物信息学技术使用FUMA网络平台的默认版本(v1.3.6a)来识别独立的SNP(r2 < 0.10)并研究其功能效果。佳学基因还使用MAGMA v1.08进行竞争基因集和路径分析...
PrediXcan , SPrediXcan,MetaXcan是近些年基于GWAS后续分析开发出来的工具。 主要功能是在组织和表达的层面预测影响表型的基因,弥补了GWAS只能在基因组层面解释表型的不足。 下面是这几个工具的工作流程: 今天给大家介绍一下如何使用SPrediXcan和MetaXcan工具进行全转录组分析(Transcriptome-Wide Analysis) ...