1、轨迹分析的关键步骤是降维和轨迹建模,降维是把复杂的数据拆解为不同的关键部分,而这每个关键部分又可以跟生物学上不同的特征相映射在一起,之后再通过定义轨迹的起点和终点来构建出轨迹的形状。 2、降维的方法主要包括线性降维(PCA,ICA)和非线性降维(TSNE,UMAP,DF)。无论是线性还是非线性降维,都是将数据解构,...
1、轨迹分析的关键步骤是降维和轨迹建模,降维是把复杂的数据拆解为不同的关键部分,而这每个关键部分又可以跟生物学上不同的特征相映射在一起,之后再通过定义轨迹的起点和终点来构建出轨迹的形状。 2、降维的方法主要包括线性降维(PCA,ICA)和非线性降维(TSNE,UMAP,DF)。无论是线性还是非线性降维,都是将数据解构,...
更完善的开发流程:Monocle 3 提供了更好结构化的工作流程,用于学习发育轨迹。 支持UMAP 算法:UMAP 算法用于初始化轨迹推断,为轨迹推断提供了更优的起点。 支持多起点的轨迹:能够处理包含多个起点的轨迹推断,从而更好地反映复杂的发育过程。 学习含有环路或汇聚点的轨迹:可以学习到包含环形结构或收敛点的复杂轨迹。 自...