真核无参转录组测序(RNA-seq)采用Illumina测序平台,对真核生物特定组织或细胞在某个特定状态下转录的所有mRNA进行测序,拼接出最长的转录本为unigene,以unigene为参考序列进行后续分析,为研究无参考基因组物种的转录水平变化提供有力的技术手段。 应用方向 无参物种基因组组装 对于无参考基因组的物种,对转录组测序数据...
比较转录组测序(RNA-seq)是基于Illumina测序平台,通过RNA-seq技术手段研究物种进化,通过不同物种或亚种间mRNA序列差异进而分析近源物种间的亲缘关系,挖掘明显受到正向选择或负向选择的基因。 应用方向 物种进化 通过转录组测序技术研究物种进化 亲缘关系研究
1.RNA-seq揭示在神经元中KDM5影响核糖体蛋白编码基因(RPG)的表达 为了确定KDM5的功能,作者对Kdm5敲除前后的果蝇神经元进行RNA-seq,富集分析发现差异表达的基因主要富集在核糖体蛋白合成相关的过程。同时ChIP-seq数据发现KDM5蛋白可以与核糖体蛋白编码基因结合。由此确定KDM5是果蝇神经元核糖体蛋白编码基因表达所必需的。
为了进一步明确Uxt在视网膜发育中的作用,作者通过 Uxt-flox 与 Vsx2/Chx10-Cre 转基因小鼠杂交得到Uxt敲除(UxtCKO)小鼠。利用RNA-seq分析发现,Uxt CKO小鼠中的视网膜相关基于基因的表达发生了显著变化;在2000多个差异基因中,其中低表达的差异基因显著富集在视觉感知、光感受器细胞维持、光转导和光感受器细胞发育等生...
外周血做 RNA-seq 多比对率高,怎么破? 别急,诺禾给您想办法! 血液由于其易于采样,从人体到全身的运输,几乎与每个组织和器官接触并且快速动态变化的特点而被广泛用于临床研究。而将血液用于转录组测序的研究也早已展开,在各种血液疾病如急性骨髓性...
经过对北京诺禾致源生物信息科技有限公司提供的单细胞转录组测序报告深入分析后,Clontech认为诺禾致源有能力使用SMART-Seq™ v4 Ultra™ Low Input RNA Kit for Sequencing为客户提供符合Clontech标准的单细胞RNA-Seq™服务,Clontech认证诺禾致源为中国地区唯一单细胞RNA-Seq™合作伙伴。
15、诺禾培训班课程其他rna-seq名词解释.pdf,RNA-seq 2014.03.21 RNA-seq RNA mRNA RNA Q20,Q30 Phred 20 30 Phred=-10log10(e). gene intron DNA RNA RNA RNA DNA exon (Splicing) RNA RNA RNA DNA intergenic AUG 3-UTR A Poly-A transcript mRNA isoform isoform reconst
来源:Liu H et al., 2021, Single-cell RNA-seq describes the transcriptome landscape and identifies critical transcription factors in the leaf blade of the allotetraploid peanut (Arachis hypogaea L.),Plant Biotechnology Journal http://doi:1...
Hi-C技术是染色体构象捕获(Chromosome conformation capture,简称为3C)的一种衍生技术,是指基于高通量进行染色体构象的捕获,它能够在全基因组范围内捕捉不同基因座位之间的高分辨率空间交互信息,研究三维空间中调控基因的DNA元件。与WGS、RNA-seq、ATAC-seq、 CUT&Tag等多组学联合分析,研究不同物种基因组空间结构(compar...
诺禾测序仪(NovoSeq)是Illumina推出的一种高通量DNA测序仪,能够完成从基因组到转录组、表观遗传组到药物靶点分析等多种高级应用。它采用了最新的Illumina技术,通过高效的分子聚集和机器学习算法来提高数据的准确度和可靠性。 二、工作原理 诺禾测序仪基于Illumina的SBS技术,采用高密度芯片技术进行大规模并行测序。具体...