nGenBank数据库每天与欧洲分子生物学实验室的核酸序列数据库(European Molecular Biology Laboratory Nucleotide Sequence Database,EMBL)和日本的DNA数据库(DNA Data Bank of Japan DDBJ)进行数据交换数据交换,以保证数据库内容在全世界范围的同步性。 GenBank数据库GenBank数据库记录格式nNucleotide通常用FASTA和GenBank...
蛋白质序列长度分布在0-500左右,最短的蛋白质序列长度只包含2个氨基酸,最长的蛋白质序列包含35,213个氨基酸 1.3 历史背景 美国国家人类基因组研究院(National Human Genome Research Institute ,NHGRI) 与美国国家卫生研究院的(NIH)其它5家研究中心和研究院于10月23日宣布,将资助建立一个统一的蛋白数据库(Unified Pr...
生物信息学数据库 生物信息数据库种类繁多，就目前来看，大体可以分为四个大类：一次数据库 1.基因组数据库；2.核酸和蛋白质一级结构序列数据库；3.生物大分子（主要是蛋白质）三维空间结构数据库；4.根据以上三类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。也称专门数据库、专业数据库或专用数据库。核酸序列数据库...
我们后续的注释中,对于VFs.xls中没有的信息,我们都采用fasta文件的信息。 具体注释过程 首先下载上述三个文件 mkdir data cd data wget http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/VFs.xls.gz wget http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/VFDB_setA_pro.fas.gz wget http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/VFDB_setB_pro.fa...
GenBase允许用户一次性批量提交来自多个物种的核酸序列。提交后,系统将生成一个带有 “sub” 前缀的唯一编号。经过质量控制,每个核酸序列被分配一个以“C_”开头,后跟2个字母、6个数字和序列版本号后缀的访问编号。同时,与给定核酸序列相关的每个蛋白质序列会分配一个以“C_”开头,后跟3个字母、5个数字和序列版本...
点击BLAST，输入nap12，用Nucletide或者Protein比对都可。
Uniprot （Universal Protein ）是包含蛋白质序列，功能信息，研究论文索引的蛋白质数据库，整合了包括EBI...
GenBase允许用户一次性批量提交来自多个物种的核酸序列。提交后,系统将生成一个带有 “sub” 前缀的唯一编号。经过质量控制,每个核酸序列被分配一个以“C_”开头,后跟2个字母、6个数字和序列版本号后缀的访问编号。同时,与给定核酸序列相关的每个蛋白质序列会分配一个以“C_”开头,后跟3个字母、5个数字和序列版本...
GenBase允许用户一次性批量提交来自多个物种的核酸序列。提交后,系统将生成一个带有 “sub” 前缀的唯一编号。经过质量控制,每个核酸序列被分配一个以“C_”开头,后跟2个字母、6个数字和序列版本号后缀的访问编号。同时,与给定核酸序列相关的每个蛋白质序列会分配一个以“C_”开头,后跟3个字母、5个数字和序列版本...