加州大学旧金山分校的Tanja Kortemme以这些进展、关键挑战和未来机会为要点,于期刊Cell发表了研究综述De novo protein design—From new structures to programmable functions,介绍了蛋白质从头设计的概念和方法,然后分别讨论了(1)新蛋白质结构设计的前沿;(2)新...
然而,扩散模型在应用于蛋白质建模时成功率却并不高,产生的序列基本不能折叠成目标结构,这可能是由于蛋白质主干几何形状和序列结构关系的复杂性。 2023年7月11日,著名蛋白质设计专家、华盛顿大学医学院David Baker教授团队在Nature期刊发表了题...
2024年8月14日,蛋白质设计先驱、华盛顿大学David Baker教授团队在国际顶尖学术期刊Nature上发表了题为:De novo design of allosterically switchable protein assemblies 的研究论文 【1】 。 该研究利用人工智能(AI)来实现全新蛋白质的从头设计,这些从未存在于自然界中的特殊蛋白可以可靠且准确地通过构象变化来控制组装和...
加州大学旧金山分校的Tanja Kortemme以这些进展、关键挑战和未来机会为要点,于期刊Cell发表了研究综述De novo protein design—From new structures to programmable functions,介绍了蛋白质从头设计的概念和方法,然后分别讨论了(1)新蛋白质结构设计的前沿;(2)新的分子功能;(3)“de novo”蛋白质与细胞功能的接口以及(...
近日,Nature 报道了一种蛋白质设计方法,华盛顿大学的研究人员在著名结构生物学家、华盛顿大学医学院蛋白质设计研究所所长、生物化学教授 David Baker 的带领下,设计出了能够通过变构控制可靠、准确地在组装和拆卸之间转换的蛋白质,实现了对蛋白质分子组装的开关式控制。相关文章题为“De novo design of allosterically...
这种方式被科学家称为蛋白质的“从头设计”(De novo design),也就是在没有模板参照的情况下设计出自然界中不存在的蛋白,并完成特定功能。如果说蛋白质结构预测是为了理解自然,那么蛋白质设计就是创造自然了。早在2003年,Baker团队里的Brian Kuhlman和Gautam Dantas就设计了一个含有93个氨基酸残基的α/β蛋白,具有...
2023年12月18日,蛋白质设计领域先驱、华盛顿大学David Baker教授在Nature期刊发表了题为 :De novo design of high-affinity binders of bioactive helical peptides 的研究论文。 这项研究报告了人工智能(AI)驱动的蛋白质从头设计的最新进展,从头设计和生成具有皮摩尔亲和力的螺旋肽靶标的结合蛋白, 实现了直接通过计算...
蛋白质从头设计(De Novo design)最早出现在20世纪80年代左右,意图探索巨大的序列空间和结构空间,设计具有全新结构与功能的蛋白质,也称为”反向蛋白质折叠问题“。随着CASP14中alphafold2的横空出世,蛋白质折叠的问题可以说已经基本解决,深度学习已经彻底地改变了蛋白质结构预测领域。虽然目前它对蛋白质设计领域的影响还...
2016年,美国科学院院士、华盛顿大学医学院的David Baker教授在 The coming of age of de novo protein design 一文中写到: There are20200possible amino-acid sequences for a 200-residue protein, of which the natural evolutionary process has sampled only an infinitesimal subset. De novo protein design ex...