导读:分子相互作用网络图揭示了细胞内部分子间的复杂相互作用。通过识别网络中密集连接的节点所形成的社区(community),可以揭示它们之间以前未知的功能联系。这些社区可能代表了具有共同功能的功能模块,对于理解细胞生物学过程、疾病机制以及药物靶点的识别具有重要的科学和临床价值。 《Clinical and Translational Medicine》文...
本文以蛋白质-蛋白质相互作用数据为例,展示了如何使用微生信云平台在线绘制带community的分子相互作用网络图。 1,打开作图URL https://www.bioinformatics.com.cn/basic_protein_protein_interaction_network_by_igraph_256 2,示例数据 点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。 示例数据包括2列: 第1列是来源(...
可以利用蛋白的名称,序列等多种格式进行检索,需要注意的是,这里虽然显示的是按照蛋白名称检索,其实你输入基因sysmbol 也是可以的。 对于单个蛋白进行检索,会给出于该蛋白相互作用的所有蛋白构成的网络,该功能更适用于对某个蛋白的相互作用进行探究,而一次输入多个蛋白,只会给出输入的蛋白之间的相互作用网络,更适用于挖...
具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、...
蛋白质互作网络(PPI, Protein-Protein Interaction Networks)是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系,对了解生物系统中蛋白质的工作原理,了解疾病等特殊生理...
可以利用蛋白的名称,序列等多种格式进行检索,输入基因sysmbol 也是可以的。对于单个蛋白进行检索,会给出于该蛋白相互作用的所有蛋白构成的网络,该功能更适用于对某个蛋白的相互作用进行探究。 而一次输入多个蛋白,只会给出输入的蛋白之间的相互作用网络,更适用于挖掘输入的蛋白之间的相互作用,比如输入转录组数据鉴定到...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
在转录调控相关的文献中,我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络(protein protein interaction network,PPI network)。具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可...
上述的网络我们就称之为蛋白质相互作用网络,protein-protein interaction network, 即PPI网络。要看懂上面这张图,需要理解以下两个方面 1. 节点(node) 图中每个节点表示一个蛋白,由于真核生物的可变剪切和转录后修饰,1个蛋白编码基因可能会产生多个蛋白,这里将由同一个基因产生的不同isoform进行了合并,在节点上标记...
蛋白质相互作用(PPI)在各种生物过程中起着重要作用,对药物开发和疾病诊断有着重要影响。现有的深度学习方法在复杂的真实场景下存在显著的性能退化,原因包括标签稀缺和领域偏移等因素。在本文中,我们提出了一种称为SemiGNN-PPI的自我整合多图神经网络,既能高效地预测PPI,又具有普适性。在SemiGNN-PPI中,我们不仅建模了...