蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)构建常用于在转录组分析后获得了一些差异基因或蛋白,亦或是想要寻找研究对象(基因/蛋白)与哪些蛋白之间存在潜在相互作用,并构建蛋白质相互作用网络表示出来,目的是研究这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、共表达、共定位等,最终阐述这些基因在生物...
用户可以通过STRING数据库的官方网站(https://string-db.org/)访问该数据库,并使用搜索工具输入感兴趣的蛋白质或者基因的名字,将会得到与查询结果相关的蛋白质相互作用网络和其他相关信息,而用户也可以上传自己的数据集进行网络分析。 可以利用蛋白的名称,序列等多种格式进行检索,输入基因sysmbol 也是可以的。对于单个...
具体而言,这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等,找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。随后,通过STRING数据库(https://string-db.org/)检索了编码蛋白间可能的潜在相互作用,并构建了蛋白质相互作用网络表示出来,目的是描述这些基因或蛋白之间存在怎样的相互关系,例如物理接触、...
可以利用蛋白的名称,序列等多种格式进行检索,需要注意的是,这里虽然显示的是按照蛋白名称检索,其实你输入基因sysmbol 也是可以的。 对于单个蛋白进行检索,会给出于该蛋白相互作用的所有蛋白构成的网络,该功能更适用于对某个蛋白的相互作用进行探究,而一次输入多个蛋白,只会给出输入的蛋白之间的相互作用网络,更适用于挖...
对于网络的结果,我们可以在导出当中导出相关的结果。其中就包括,一开始看到的网络图,以及包含网络edge信息的数据结果。 写在最后: 基本上对于STRING的蛋白相互作用分析就是这么多。这个只是通过数据库确定基因之间的相互作用关系,但对于寻找核心基因,还没进行查找。明天我们来介绍一下如何进行核心基因的查找。
本节就让小编带大家认识STRING数据库的蛋白质相互作用(PPI)网络分析,以下简称PPI网络。类似地,以给定的一串基因名称列表为例进行搜索。 1、准备输入数据 假设我们同样基于表达谱数据获得了一些差异表达的基因列表,现在有待于识别这些基因间的关系。考虑到编码基因发挥作用的最终形式是以蛋白功能实现的,因此就通过STRING数...
STRING数据库简介STRING（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins）是一个在线的生物信息学数据库，旨在提供基因和蛋白质相互作用的信息。该数据库整合了多种数据来源，包括实验室实验、文献报道和计算预测，以提供全面的相互作用网络。STRING数据库还提供了许多工具和功能，例如基因和蛋白质注释、...
7. PPI蛋白网络相互作用构建(STRING)发布于 2022-06-05 08:15 · 3004 次播放 赞同11 条评论 分享收藏喜欢 举报 网络药理学string 写下你的评论... 1 条评论 默认 最新 呵呵 你好我得到的图片背景网格是怎么回事呀 2022-10-24· 内蒙古 回复喜欢...
STRING数据库(https://string-db.org)是一个在线检索蛋白质(已知蛋白和预测蛋白)之间相互作用的数据库,目前已经更新至11.0版本,共收录了5090个物种,24.6 Million个蛋白和>2000 Million种蛋白质之间相互作用的信息。它除了含有实验数据,文献和其他数据库中的相互作用信息外,还包...
研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因。String是一个蛋白互作网络数据库,包含蛋白直接物理作用的互作关系的同时,还包含了蛋白之间以间接作用的互作关系。在线的界面很友好,可根据需求输入不同的protein name or protein sequence来做预测。在细胞数据分析中,我们经常需要那一个基因list(一般是差异基因)看...