我们可以通过Analyze Protein Interface工具对蛋白蛋白对接结果的相互作用进行分析。我们选择pose1进行分析,首先将pose1的配体蛋白与受体蛋白合并为蛋白-蛋白复合物结构,在左侧工具栏中在Analyze Interaction下方点击Analyze Protein Interface,打开Analyze Protein Interface窗口; Input Protein Complex选择复合物文件,Ligand Chains...
在DS中,我们可以使用ZDOCK来实现蛋白质的对接计算。ZDOCK是一种基于快速傅里叶转化相关性技术的刚性蛋白对接算法。算法中快速傅里叶转化相关性技术被用于搜索蛋白-蛋白系统的平动和转动空间。RDOCK是一种基于CHARMm的能量优化过程,用于优化ZDOCK所寻找到的蛋白-蛋白复合物的结合构型,并使用能量打分函数给这些结合构型打分...
修改方法:使用文本编辑器Sublime或NotePad++打开配体蛋白1vin.pdb,列选链名A,改为B,或采用字符替换方法,将A替换为B(注意前后各有一个空格,避免替换掉单词中的A)。 3.2 刚性对接 打开ZDOCK在线服务网页(https://zdock.umassmed.edu/)进行刚性对接。由于不清楚具体的作用残基(“盲对接”),所以勾选Skip residue s...
修改方法:使用文本编辑器Sublime或NotePad++打开配体蛋白1vin.pdb,列选链名A,改为B,或采用字符替换方法,将A替换为B(注意前后各有一个空格,避免替换掉单词中的A)。 3.2 刚性对接 打开ZDOCK在线服务网页(https://zdock.umassmed.edu/)进行刚性对接。由于不清楚具体的作用残基(“盲对接”),所以勾选Skip residue s...
蛋白蛋白对接是生物学中的一个重要概念，它指的是两个蛋白质之间的相互作用，通过这种作用，不同的蛋白质可以形成复合物，发挥特定的生物学功能。蛋白质对接的研究对于理解生命系统的结构和功能非常重要，因为许多生物学过程都是通过蛋白质对接来实现的。同时，蛋白质对接也是新药研发的重要领域之一，科学家们通过研究...
为了解决这个问题，北京大学、昌平实验室等机构的研究团队提出了用于受限复合物构象预测的通用框架——ColabDock，它是一个由稀疏实验约束引导的蛋白质-蛋白质对接的通用框架。通过梯度反向传播，该方法有效地整合了实验约束的先验和数据驱动的蛋白质结构预测模型的能量景观，自动搜索满足两者的构象，同时容忍约束中的冲突或...
1.1蛋白-蛋白对接的应用场景 1.2相关程序的介绍 1.3目标蛋白的收集以及预处理 1.4使用算例进行运算 1.5关键残基的预设 1.6结果的获取与文件类型 1.7结果的分析 以目前火热的靶点PD-1/PD-L1等为例。 2.涉及金属酶蛋白的对接 2.1 金属酶蛋白-配体的背景介绍 ...
Autodock分子对接--2.蛋白和小分子的预处理(导出PDBQT) Autodock分子对接--完结撒花! 先看一下蛋白质相互作用关系数据库(如果无法打开属于网络问题,不要问我): 1.DIP 实验方法测定的蛋白质之间的相互作用。 2.BioGRID 主要收集模式生物物种中涉及的蛋白质间相互作用,是各种相互作用的数据集 ...
ZDOCK分子对接之后的输出文件解读 ZDOCK分子对接之后会将所有的信息打印到用户指定的文件中,如通过命令行:zdock -R receptor_m.pdb -L ligand_m.pdb -o zdock.out就会将所有的打印输出信息到文件zdock.out。输出文件通过zdock命令的-o参数设定。128 1.2 0...
首先,研究人员利用ZDOCK这一蛋白-蛋白对接软件来进行预测,通过对蛋白-蛋白对接结果的分析,他们发现PafA的Arg-207 (精氨酸207位点) 可能对底物结合起到了重要作用(图2a)。 为了验证这一预测结果,研究人员将其突变为丙氨酸形成了PafA的突变体,并检测其与靶蛋白PanB的结合能力(图2b)。作为比较,作者分别加入了野生型...