其他的蛋白数据库有PDB（Protein Data Bank，简称PDB，开始建立于1971年）等。国内也有些如由上海生物信息技术研究中心下属的生物信息科学数据共享平台建立及维护的SDSPB等。性能及历史 蛋白质数据库（HPDB），建于2005年5月， 动态展示生物大分子立体结构，鼠标点击放大分子结构、原子定位、测定原子之间距离，可用于...
以批量下载蛋白质的PDB结构为例,将蛋白的PDB ID写入至.txt文件中,每个PDB ID以逗号隔开,如下所示:然后输入以下命令即可一键下载:./batch_download.sh -f list_file.txt -p 当然,实际操作中,也不仅限于.txt文档,我们从其它软件导出数据时,可能.csv格式更为方便,比如笔者这里首先使用药效团数据库对目标分子进行...
访问PDB数据库网站: PDB数据库由RCSB(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)维护,你可以通过访问其官方网站来查询蛋白质的结构信息。 访问链接:RCSB PDB: Homepage 在PDB数据库中搜索目标蛋白质: 在PDB数据库的搜索栏中输入蛋白质的名称或关键字,进行搜索。例如,如果你想要查询某个特定蛋白质的结构...
1.1 PDB数据库简介 1.2 目的和用途 2.访问PDB数据库 2.1 网页界面 2.2 编程接口 3.数据搜索与筛选 3.1 关键字搜索 3.2 高级搜索 3.3 过滤和排序 4.数据浏览与可视化 4.1 蛋白质结构展示 4.2 结构对比和比对 4.3 可视化工具介绍 5.数据与导出 5.1 单个结构 5.2 批量数据 5.3 数据格式转换 6.数据分析与挖掘 ...
国际蛋白质结构数据库PDB 国际蛋白质结构数据库(PDB)全称为Protein Data Bank,是全球最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库。PDB网址https://www.wwpdb.org/,用户可以经由网络免费访问,是结构生物学研究的重要资源。
一、PDB蛋白质结构的重要性 蛋白质是生物体内最基本的功能分子,具有极为复杂的空间结构。蛋白质的结构决定了其功能和相互作用方式。通过研究PDB蛋白质结构,可以揭示蛋白质的三维构象、动态变化以及与其他分子的相互作用,从而深入理解蛋白质的功能机制和生物学过程。 二、PDB蛋白质结构的研究方法 1. X射线晶体学:通过...
选择目标蛋白质 🔍 首先,访问UniProt数据库,找到你感兴趣的蛋白质。记得要选择那些已经验证过的人类蛋白质,确保它们有很高的可信度。 筛选蛋白质结构 🔍 接下来,去PDB数据库找到你刚才选中的蛋白质的结构。这里你可以使用各种过滤器来筛选出符合你需求的结构。建议选择那些高分辨率、单链的蛋白质结构,最好还能找到...
在从PDB 数据库下载合适的蛋白结构时,可以按照以下步骤进行:1️⃣ 从 UniProt 数据库选择蛋白:首先,访问 UniProt 数据库,搜索你感兴趣的蛋白。确保选择那些具有已验证人类属性的蛋白,这样可以提高可信度。2️⃣ 筛选合适的蛋白质结构:一旦你确定了目标蛋白质,可以转到 PDB 数据库以获取其结构。在 PDB 数据库...
⒈打开PDB数据库网站()。 ⒉在主页上的搜索框中输入蛋白质的名称或相关关键词。 ⒊“搜索”按钮进行查询。 三、搜索结果页面解读 ⒈结果列表:显示与搜索关键词相关的蛋白质结构数据的列表。 ⒉结果过滤器:可根据不同的标准对结果进行筛选,如生物大分子类型、解析度等。 四、查看蛋白质结构信息 ⒈在结果列表中选择...