相对结合自由能和绝对结合自由能 在热力学中,相对自由能(Gibbs free energy)和绝对自由能(Helmholtz free energy)是描述系统能量状态的两个重要概念。它们分别用于不同的热力学体系和条件。 相对自由能(Gibbs Free Energy): 表示系统在等温等压条件下的自由能。 记作G。 在常温常压下,相对自由能的变化可通过以下...
跟小分子相对结合自由能的计算类似,我们需要分别计算 左侧的 solvent leg 和右侧的 complex leg. 别看相对结合自由能计算了俩小分子的差值,这里只计算一个分子的绝对值,个人感觉其实这个操作起来更难,因为相对计算我们实际上只计算了两个分子不同的地方,其计算量或许是小于绝对计算的。而且相对计算的路线图更容易懂...
绝对结合自由能微扰(ABFEP)自由能计算的严谨性 自由能微扰是这项研究中的关键步骤,使用 FEP+工具执行。这涉及复杂的模拟和应用约束以保持配体在结合位点内。理解热力学循环 研究的热力学循环,如图 3 所示,提供了结合自由能计算的全面视图,包括多种模拟方法,如 MD、GCMC 和 μVT。图 3:ABFEP 计算的热力学...
🔬 结合自由能与实验数据相关性显示了 ABFEP 的准确性。 🚀 通过比较活性和非活性形式的结合自由能差异,实现了 ITK 抑制剂的有效区分。 研究者计算了六种非活性形式结合剂(A-F)和五种活性形式结合剂(G-K)的绝对结合自由能。结果显示,计算所得结合自由能与实验数据具有合理的相关性。通过比较活性和非活性形...
图1中显示了一个分层的虚拟筛选漏斗,其中引入了绝对结合自由能(ABFE)模拟作为最终计算阶段,然后才人工选择要购买的化合物并进行实验测试。图1 引入ABFE计算的虚拟筛选过程 图片源自JCIM.分子结合的热力学过程 在讨论虚拟筛选方法之前,我们先简要介绍生物分子识别(例如蛋白质-配体结合)背后的热力学,这对于理解各种...
通过绝对结合自由能微扰(ABFEP)模拟,本文揭示了白细胞介素-2 诱导的 T 细胞激酶(ITK)抑制剂的构象选择性和关键结构因素。 🧬 ITK 抑制剂对活性与非活性形态的选择性 📊 ABFEP 模拟预测构象选择性的准确性 🔍 揭示构象变化的关键结构因素 ITK 是调节 T 细胞受体信号响应的关键酶,也是炎症和免疫疾病治疗的...
通过绝对结合自由能微扰(ABFEP)模拟,本文揭示了白细胞介素-2 诱导的 T 细胞激酶(ITK)抑制剂的构象选择性和关键结构因素。 ITK 抑制剂对活性与非活性形态的选择性 ABFEP 模拟预测构象选择性的准确性 揭示构象变化的关键结构因素 ITK 是调节 T 细胞受体信号响应的关键酶,也是炎症和免疫疾病治疗的重要药物靶标。研...
焓和温度。而这三者都规定了零点,故某特定物质形态相对于基准状态的能量差异即吉布斯自由能。从而可以...
一种准确计算气体分子绝对自由能的方法专利信息由爱企查专利频道提供,一种准确计算气体分子绝对自由能的方法说明:本发明公开了一种准确计算气体分子绝对自由能的方法,包括以下步骤S1、降低气体分子中柔性二面角势...专利查询请上爱企查
流程化的多步自由能计算 在BFEE2中,绝对自由能计算被分解为4步:1)构建复合体;2)准备输入文件;3)MD模拟;4)后处理(计算并扣除几何约束对自由能的贡献),见图2所示。第1步构建复合体,用户可以使用他们熟悉的软件准备坐标和力场拓扑文件。第2步,用户需要根据蛋白复合体的情况选择使用炼金术路线还是几何路线。几何路...