论文引用600+,一个专注于生存分析绘图的在线工具,收录TCGA、GEO、EGA等公共数据库数据,能对基因(mRNA、miRNA)或蛋白表达与30种不同类型肿瘤的超21k+样本间的生存率进行评估和绘图,便于预后检验或是发现生物标志物。 往期教程: 《如何用KM Plotter神器,复现高分期刊同款美图?》 9. MEXPRESS 数据库链接: https://m...
GEPIA2主要有两大功能:Expression Analysis和Custom Data Analysis。在Expression Analysis中以RNA-seq表达量信息为主可以进行八大类分析,而Custom Data Analysis则支持上传本地癌症RNA-seq数据与TCGA和GTEx的样本进行比较。 不会代码的小白,完全可以用这个数据库轻松解决肿瘤方向基因表达和预后。 GEPIA2的主要功能: 肿瘤类...
2. GSEA工具 GSEA分析(Gene Set Enrichment Analysis)不会对基因预过滤,能够有效弥补传统富集分析对微效基因的有效信息挖据不足等问题,更全面地对某一功能单位(通路、GO term或其他)的调节作用进行解释。 工具链接: https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/gsea 3. 网络热图 网络热图,应用于多组学关联分析,...
韦恩图是一张生信分析常用的图形,通过下面的在线工具,无需自己动手写代码,可以快速创建韦恩图。 在线绘制四韦恩图工具 在线绘制六韦恩图工具 韦恩图在线绘制工具 基因功能注释 DAVID在线工具 DAVID是一个免费的基因功能注释工具,可以帮助研究人员了解基因的功能和通路。上传基因列表,可进行功能注释和通路分析。 DAVID页...
图6. ZBTB9高表达组与ZBTB9低表达组基因集富集分析 小云说:基因富集分析也可以使用云生信在线工具进行分析~ 6药物-疗效分析 通过CellMiner获取药物药理疗效和mRNA水平的数据,分析药物IC50与ZBTB9基因表达水平的相关性(图7),有助于优化指导ZBTB9高表达LIHC患者的个性化治疗。
【生信在线工具】12 使用cytoscape中ClueGO插件进行富集分析, 视频播放量 6395、弹幕量 1、点赞数 63、投硬币枚数 33、收藏人数 218、转发人数 17, 视频作者 苇杰小医, 作者简介 微信:JLXC0999,相关视频:【生信在线工具】09 GEO数据整理与筛选,【生信在线工具】06 GSEA软
R语言以其方便、快捷的优势,迅速获得许多不懂编程的科研狗的青睐。凭借短短几行代码,就能完成各种高大上的数据分析,关键还能做出漂亮的图。 但天天跟代码打交道也颇为头疼,作为一般的科研人员,并不需要完全掌握代码,只要会使用工具就差不多了。 下面小编给大家介绍一个基于云的在线生物信息学数据分析和作图工具: ...
做生信的小伙伴肯定都知道北京大学的张泽民教授这位大佬,如果你还困惑于代码的学习,其实这些大佬开发的在线工具就很好用,比自己花了几天时间处理的公共数据好用多了。这个在线工具开发的很贴心,无论是单gene还是多gene的生存OS,RFS,疾病进展阶段,相关性分析,应有进有,使用起来很方便。这也是我一直在用的在线工具。
生信log13|原核基因组分析流程一:常用在线工具使用总结及评价另附一些小白Q&A(超啰嗦的笔记) 小周的万用胶囊 汕头大学 生物学硕士22 人赞同了该文章 笔者有话:写这篇日志的目的在于记录原核基因组下游分析比较基础的步骤,使用这些工具的时候很想吐槽的点,以及一些些数据的解析防止之后自己忘得一干二净的...
人类最大的优势是会使用工具,比起在自己电脑上安装鼓捣各类软件,当然是界面漂亮、使用方便的在线程序更受欢迎啦!下面熊姐就给大家总结下近两年来的部分最新生信工具!! AIDA 蛋白三维结构预测,Motif & Domains http://ffas.burnham.org/AIDA/ AIDA: Ab...