1、【生信知识】---Nanopore测序分析软件nanopolish 2、TBtools | 基因组重测序数据分析常用上游软件「三兄弟」,聚齐了~ 3、10X单细胞测序之cellranger介绍 4、kmer分析的几款软件介绍 5、单细胞转录组测序分析--初探Seurat 【生信知识】---Nanopore测序分析软件nanopolish 前言: nanopolish是开源的综合性分析软件测序...
1.SnapGene软件(请多支持官方认可的正版软件) 2.参考序列(一般是某个基因、mRNA或者质粒) 3.其他需要和预期序列比对的测序文件(是DNA序列就行,本文以一代测序得到的序列为例) :一代测序结果每个样品会有两个文件,即Applied Biosystems Sequence Trace (.ab1)和DNAssist...
1 Vector NTI Advance 10软件安装后共含有一下几种软件，序列比对软件选择AlignX 2 AlignX打开界面如图下，在Project中选择 Add Files，添加你的测序结果和目的基因序列，会出现一个对话框，然后选择ＤＮＡ和ＲＮＡ，如果需要比对的是蛋白序列就选择Protein。必须是TXT文件，不然无法插入文件，3 之后我们就需要将测序...
软件如Trinity组装得到转录本序列,然后用软件如bowtie2比对到转录本序列得到sam文件,根据比对结果用软件如RSEM进行表达定量分析。 如果有参考基因组,直接使用 HISAT2或STAR等软件将测序结果比对到基因组上,结合基因注释就可以计算出每个基因的表达。 后续就是差异基因分析,常用软件DESeq2和edgeR,最后最一些功能方面的分...
二代测序的数据分析通常分为 初级分析、次级分析和高级分析 三个层次。 以Illumina测序平台为例二代测序数据分析软件,讨论二代测序的图象处理和碱基识别,也就是从荧光信号的产生到碱基序列的识别这一过程,主要包括 图象校正(即空间校正)、簇的识别、荧光校正(即光学校正)、phasing/prephasing(即化学校正)、碱基识别、...
Sanger测序结果:A-1_xxx.ab1、A-2_xxx.ab1、A-3_xxx.ab1、...。 ab1文件保存了测序的序列、测序质量、峰图等信息,它有着特定的格式(ab1文件格式说明看这里),除序列外一般无法直接提取其他信息,我们可以使用专业软件将ab1转换为文本。 ①将所有ab1文件转换为fastq格式并写入到一个文件中: ...
扩增子测序结果可视化分析软件是由南京大学著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR1005717,属于分类,想要查询更多关于扩增子测序结果可视化分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
很多，例如GATK，soapSNP，samtools等等,个人认为GATK结果比较好
带您认识一款新的分析软件PAGA 通过单细胞转录组测序技术得到海量细胞的表达矩阵,可以对细胞亚群做聚类、注释,鉴定亚群marker genes,寻找组间差异调控网络,绘制组织特异性图谱等。在聚类分析中寻找的是细胞间的离散属性,也就是细胞之间的不同,而轨迹分析中寻找的是连续属性,也就是细胞之间的相同之处。为什么细胞的分化...
R软件进行GEO高通量测序数据分析 高通量测序结果分析,导读高通量DNA测序技术(DNA-seq)是临床和基础生物医学研究的重要手段之一。作为一种常规的技术方法,DNA-seq在多个领域均有广泛应用,例如个体基因分型和变异鉴定,种群和物种水平的基因组特征比较以及基于宏基因组的