都会用到核苷酸多样性(π)和单倍型多样性(Hd)。下面简单介绍怎样用软件DnaSP v5(Librado et al.,2009)得到相关的信息首先我们需要一个比对好的fasta 文件,例如taiwan30aln.fas 打开DnaSP v5 打开文件“taiwan30aln.fas”出现一个数据信息框,或者说软件赋予你的数据的一些默认信息 ...
据的实际情况,关掉这个信息框之后使用“data”-> “format”选项卡进行修改。 修改好之后,进行 DNA 多态性分析“Analysis”-> “DNA Polymorphism” 结果中包含了我们需要的核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd),当然了还有很多其他相关的信息。
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建立SHMT等位基因和大豆SCN抗性之间的联系,我们取得了相当于90%的soybean13的SCN女性指数的序列多样性81大豆品系,然后确定自己的基于SNP单体型SHMT(补充表1)。该SHMT基因完全来自28个选定大豆品系(图2)测序。八种不同的单倍型SHMT鉴定。大豆品系与单倍型H1-H3携带抗性等位基因SHMT和rhg1和耐SCN。这些包括大豆品系PI 54...
经 PCR 扩增、测序和序列多态性分析, TIDH3 中的一个759 bp 片段的总核苷酸多样性指数 π和θ 分别为 0.006 和 0.012,同义突变多样性π = T W syn 0.009 大于非同义突变多样性πnonsyn = 0.006 。Ka/Ks = 0. 600 1 ,认为 TIDH3 基因受到负向选择作用。TIDH3 基因连锁不平衡分析表明,基因内的连锁不...
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