ggrepel为注释ggplot2图提供了一系列出色的函数,包含了许多关于如何扩展其功能的很好的提示,包括将生成的标签移离地块的轴和其他标签等等。但是,有一件事没有涉及到,那就是用geom_hline()和geom_vline()将标签从手工绘制的线上移开,比如在中。这里有一个简单的MWE来突出这个问题:library("ggrepel") dat <...
我懒得查函数,直接用excel做了,故这部分代码省略。 library(ggplot2) library(ggrepel) temp<-test[which(test$X=="intersect"),] library(Cairo) CairoJPEG("crosstalk.jpeg",width=7200,height=4800,res=1200) ggplot(test)+geom_point(aes(x=test$Symbol,y=test$log2FoldChange.C2.C1.,colour=factor(...
geom_text_repel(aes(x=test$Symbol,y=test$log2FoldChange.C2.C1.,label=ifelse(test$X=="intersect",test$Symbol,"")), colour="darkred",size=3,box.padding = unit(0.35,"lines"),point.padding = unit(0.3,"lines")) 加上外面的黑圈(先做一个 只有intersect基因的数据框temp) temp<-test[wh...
去掉X轴刻度尺 theme(axis.ticks.x = element_blank()) 去掉X轴标题 theme(axis.title.x = element_blank()) 在图上加基因名字(我只想给重叠的基因加,不然太乱了) geom_text_repel(aes(x=test$Symbol,y=test$log2FoldChange.C2.C1.,label=ifelse(test$X=="intersect",test$Symbol,"")), colour=...
(color="#69b3a2") + geom_text_repel(data=tmp_date) + geom_segment(color="#69b3a2", aes( xend=c(tail(Amanda, n=-1), NA), yend=c(tail(Ashley, n=-1), NA) ), arrow=arrow(length=unit(0.3,"cm")) )+ theme_bw()+ theme(axis.title = element_text(face = 'bold',color ...
3.通过exprs函数获取表达矩阵并校正 exprSet=exprs(gset) 可以先简单看一下整体样本的表达情况,其中exprSet[,-c(1:12)]的意思是去掉这个数据的前12个,因为我们需要的后面36个 boxplot(exprSet[,-c(1:12)],outline=FALSE, notch=T,col=group_list, las=2) ...
ggrepel包提供了geom_label_repel()函数或者geom_text_repel()函数,为图形添加文字标注。 操作步骤: 第一步:先准备好标记点的数据 第二步:增加文字标注图层,包括标记点的数据和标注的文字给label参数 # 设置文字标注信息 library(ggrepel) # 选取每种车型 hwy 值最大的样本 best_in_class - mpg %% group_by...
scATAC-seq）实验之间找到相互关联的“锚点”，首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数，通过计算2kb...
(0, 0) ) +# 添加高亮点geom_point(data=subset(data, is_highlight=="yes"), color="orange", size=2) +# 添加高亮label,且防止重叠geom_label_repel( data=subset(data, is_annotate=="yes"), aes(label=SNP), size=2) +theme_bw() +theme(legend.position="none",panel.border = element_...
# 使用ggdag函数来制作DAG # dag_tidy是你的dag数据,node_size可以修改点的大小,text_size可以修改字母大小 # label_size修改标签大小,edge_type是边的类型,可以是直的,也可以是弯的 # geom_dag_label_repel里面是添加标签的函数,最好不要变动 # geom_dag_edges可以改变边的属性,我这里改变了宽度 ...