冗余:组装出的Unigene的数量大大超过基因数; 冗余的来源:(1)可变剪切;(2)测序错误引入的“新” 转录本; 冗余的最大影响:导致多重比对,给定量带来困难 减少冗余策略 (1)去除低质量的reads;(2)是否有外援污染;(3)使用Normalization参数,降低高丰度基因的reads数据,同时提高组装效率;(4) 后续序列聚类或过滤 去冗...
1. 合并左右reads用来组装参考转录本 $cat J.R1.fastq.gz L.R1.fastq.gz >left.fq.gz $cat J.R2.fastq.gz L.R2.fastq.gz >right.fq.gz 2.质控 $clumpify.sh in1=left.fq.gz in2=right.fq.gz out1=1.clumped.fq.gz out2=2.clumped.fq.gz pigz dedupe $bbduk.sh in1=1.clumped.fq.gz...
转录组拼接软件 Assembly-firstapproches 方法：从头组装软件：Trinity、ABySS、SOAPdenovo等。适用方向：无基因组或基因组片段化严重的 物种。优点：不依赖任何的参考基因组。缺点：假阳性问题。2019/11/29 组装效果统计 2019/11/29 Trinity简介 •Trinity是一款高效且稳定的以RNA-Seq为基础从头...
无参转录组组装和注释 易生信 学习方式 提前预习 仔细听讲 先运行再理解 紧跟步伐,跟不上的及时在课堂提出或寻找助教老师解决 课后复习,基础知识学习靠背和反复练 书读百变,其义自见 码敲十遍,不会也难 2 无参组装步骤无参组装步骤 3 转录
转录组拼接软件 Assembly-firstapproches 方法：从头组装软件：Trinity、ABySS、SOAPdenovo等。适用方向：无基因组或基因组片段化严重的 物种。优点：不依赖任何的参考基因组。缺点：假阳性问题。2019/11/29 组装效果统计 2019/11/29 Trinity简介 •Trinity是一款高效且稳定的以RNA-Seq为基础从头...
所以,转录组拼接技术应运而生 2019/11/29 A/OROAD GENOME 转录组拼接软件 安诺优达安诺基因 Mapping-first approches >方法:首先比对到参考基因组,然后用比对的 Reads及 paired-ends进行序列拼接。 代表软件: Scripture, Cufflinks 没有合适的参 考基因组 ...
无参转录组中都有预测转录组的蛋白质序列，在组学生物的无参转录组结果文件中，预测的蛋白质序列文件位于...
生信帮推出基因组组装与注释系列课程了,生信小伙伴久等了,给您精心准备的课程,基因组组装与注释系列课程开讲了Day23,基因预测原理讲解,转录组预测,同源预测,有参和无参组装,MERK工具介绍,快来听听吧, 视频播放量 883、弹幕量 0、点赞数 25、投硬币枚数 4、收藏人数
A.答案:如果所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列,且和该基因组序列比对效率较高,那么可以采用有参转录组的分析策略,直接进行分析,例如人、大小鼠及各类模式生物等。B.所研究的物种无已知的参考基因组或组装注释好的基因序列,则需要按无参转录组分析策略进行转录本组装,构建unigene库,进行后续分析。相关...
所以,转录组拼接技术应运而生 2019/11/29 A/OROAD GENOME 转录组拼接软件 安诺优达安诺基因 Mapping-first approches 方法:首先比对到参考基因组,然后用比对的 Reads及 paired-ends进行序列拼接。 代表软件: Scripture, Cufflinks 没有合适的参 考基因组 优点:灵敏度高 怎么办? 缺点:对参考基因组的依赖度太高 ...