TCGAbiolinks包下载的表达量数据的文件路径是有规律的,如果你没有特别指明,通常是位于GDCdata\TCGA-COAD\harmonized\Transcriptome_Profiling\Gene_Expression_Quantification这个路径下的。 这个包下载数据就是三板斧操作,query,download,prepare,而且最后GDCprepare()需要的还是GDCquery()得到的对象,因此我们完全可以通过构建一...
前几天学习TCGAbiolinks包时意外发现,即使是手动下载的数据,只要构建合适的路径,也是可以通过GDCprepare()函数进行整理从而简单的得到表达矩阵的! TCGAbiolinks包下载的表达量数据的文件路径是有规律的,如果你没有特别指明,通常是位于GDCdata\TCGA-COAD\harmonized\Transcriptome_Profiling\Gene_Expression_Quantification这种路径...