蓝色方框圈出来为“CDS”。 2、PrimerPremier6设计引物 打开PrimerPremier6,菜单栏File→New→Sequence, 或使用快捷键:Ctrl + E 输入CDS序列,然后点击Add(添加)。 参数设置:Analyze→Primer Search, 或使用快捷键:Ctrl + M 点击“引物参数”,设置熔解温度,设置引物长度,设置扩增产物长度。 可替换引物对,默认是5对...
1、引物与模板配对好; 2、两个引物退火温度差不多; 3、每个引物的 GC 含量不要太高或太低; 4 、引物最好没有回文序列; 就这4 点就很好了。如果还是满足不了!只要前2点就够了。 二、荧光定量引物的特定要求 做荧光定量PCR时,用SYBR Green I 法时的一对引物与一般 PCR 的引物,在引物设计上所要求的参...
Oligo 7设计的引物对引物有一个综合评价,同时概括了引物关键信息,可分析引物的二聚体形成、发夹结构、上游&下游引物和产物各个碱基的组成比例和Tm值、错配情况、PCR总览、内部稳定性等,通过这些分析可以确保自己的引物是不是最合适的。 基于Primer Premier 6的引物设计教程,以前做过了分享,有需要可以看这篇文章:Pri...
同源重组法引物设计app:CE Design ,软件图标和界面如下图(想要安装包的同学可私信我) 同源重组法引物设计app:CE Design 选中“单片段克隆”后,弹出右侧输入框,分别输入完整的载体序列,选择合适的酶切位点及输入扩增基因序列(注意是否需要去除扩增基因的终止子),最后单击“生成CE扩增引物”即可得到引物序列。 CE Desi...
干货｜NCBI 引物设计 Primer-BLAST是NCBI中提供的引物设计工具，将BLAST与全局对准算法相结合，可以一步到位地设计特异性引物，并且可以验证已知引物的特异性，是科研人赖以生存的好伙伴。1.打开NCBI官网，选择BLAST 2.选择Primer-BLAST 3.Primer-BLAST 的输入 进入页面后，具体分为4个部分，分别为PCR Template、Primer...
引物长度一般在18~30 nt之间，扩增产物长度尽量控制在 100~300 bp之间。引物设计太短会导致非特异扩增，太长则容易形成二级结构(如发夹结构)。扩增产物太长不适于聚合酶进行反应，会影响到PCR扩增效率。3. GC含量和Tm值 引物GC含量控制在40%~60%之间，过高或过低都不利于引发反应。正反向引物GC含量应接近相同，...
第五步:引物质量判断 怎么样的引物才是集“扩增效率达标”、“扩增产物特性好”、“实验结果可靠”于一身呢。 引物的扩增效率达到90%-110%即认为扩增效率较好,熔解曲线单峰且通常Tm>80℃即认为扩增特异性较好。相当简单有木有啊～是不是感觉自己已经告别科研...
首先,我们知道qPCR是特殊的PCR,所以,qPCR的引物设计要满足一般PCR引物设计的原则,见下表。 除此之外,qPCR引物设计需要额外注意几点。 1. 扩增片段长度: 扩增效率随着扩增子长度减小而增大,建议扩增产物最好在80-200bp的范围,若产物小于75bp,扩增子很难与引物二聚体区分开,若产物大于300bp,则会因为酶活降低导致扩...
一、引物设计的基本原则 1. 用于PCR反应的引物需要两条,分别设在被扩增目的的片段的两端,并分别与模板正负链序列互补,避免出现二聚体、发夹结构等 2. 引物的长度一般以18-25个核苷酸为宜,特殊情况下可适当增加,引物过长容易产生寡核苷酸的链内互补,形成发卡状结构,影响引物与模板之间的互补; ...
做Real Time时,用于SYBR Green I法时的一对引物与一般PCR的引物,在引物设计上所要求的参数是不同的。引物设计的要求: (1)避免重复碱基,尤其是G。 (2)Tm=58-60度。 (3)GC=30-80%。 (4)3'端最后5个碱基内不能有多于2个的G或C. (5)正向引物与探针离得越近越好,但不能重叠。