在GO富集分析中,MF用于揭示基因产物在分子层面上的具体作用机制。例如,某些基因产物可能具有特定的酶活性,能够催化特定的化学反应;而另一些则可能具有与特定分子结合的能力,从而参与形成复杂的生物大分子或信号传导复合物。 综上所述,GO富集分析中的BP、CC、MF分别从不同角度...
@文心快码BaiduComatego富集分析bp,cc,mf 文心快码BaiduComate GO(Gene Ontology)富集分析是一种生物信息学分析方法,用于确定给定基因集中的功能富集或富集的生物学过程。GO富集分析主要涉及三个分支:生物过程(Biological Process,BP)、细胞组分(Cellular Component,CC)和分子功能(Molecular Function,MF)。下面将详细解释...
5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG 你看下面这篇文章,发表在scientific reports上。虽然被称为四大水刊之一,但是也毫不影响人家的影响因子上4.380。 下面就是这篇文章中的GO和KEGG富集分析图,眼尖的小伙伴应该一眼就能看出是用Excel画出来的。 上面这张figure分了四张柱形图来分别展示BP,CC,MF和...
基因本体论(Gene Ontology,GO)计划(http://www.geneontology.org)为注释基因、基因产物和序列开发了一套结构化的、受控词汇表。它被分成三部分:分子功能(Molecular Function,MF)、生物过程(Biological Process,BP)和细胞组分(Cell Component,CC)。 GO功能富集分析结果,一般都会包含至少4列:GOterm,基因数,P值和类别。
GO富集分析的结果通常用条形图表示,选择BP、MF、CC中差异基因数大于2的十个条目,条形高度越高,其富集基因数目越多,pvalue值越小。 在这里我们总结了3类常见应用及结构内容,如下所示: 条形图 点击蓝字 关注我们 一、常见柱形图 1. 图例 (一)模板
在GO富集分析中，我们同样使用DAVID工具，将基因集合按照生物过程（BP）、分子功能（MF）和细胞成分（CC）三个维度进行富集分析，并通过柱形图展示结果。这样，科研新手也能轻松地获得发表级的GO富集分析图。为满足更多展示需求，本篇内容还介绍了零代码GO富集分析，将BP、MF、CC和KEGG富集结果整合在一张...
1.基因富集工具DAVID介绍(一)-基因ID转换 | 2.基因富集工具DAVID介绍(二)-KEGG富集分析 | 3.基因富集工具DAVID介绍(三)-零代码展示KEGG富集结果 | 4.基因富集工具DAVID介绍(四)-GO富集分析及柱形图展示 | 5.GO和KEGG富集分析视频讲解 | 6.KEGG富集分析—柱形图,气
GO和KEGG富集分析 2A.上调差异基因的BP、CC和MF三合一条形图的GO功能富集图,其中横坐标代表生物学功能,纵坐标代表富集分析得分数值;2B.下调差异基因的BP、CC和MF三合一条形图的GO功能富集图,其中横坐标代表生物学功能,纵坐标代表富集分析得分数值;2C.上调DEG的富集气泡图,其中横坐标代表富集分析得分,纵坐标代表信号...
一、GO-基因本体(从MBC三个角度描述基因) 1.MF-分子学功能(如胰岛素受体活性) 2.BP-生物学过程(如细胞分化) 3.CC-细胞组成(如存在于线粒体or线粒体基质等) FDR校正p值。看校正后的p值 二、pv,pa,q值的区分(百科) p-value是通过T检验产生的一个参数,它代表了两组样本之间的差异性。
5.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG 你看下面这篇文章,发表在scientific reports上。虽然被称为四大水刊之一,但是也毫不影响人家的影响因子上4.380。 下面就是这篇文章中的GO和KEGG富集分析图,眼尖的小伙伴应该一眼就能看出是用Excel画出来的。