Illumina 二代测序技术 徐宸 学生 二代测序:第二代高通量测序也称下一代测序技术 illumina 二代测序过程样本准备Sample Prep成簇Cluster Generation测序Sequencing数据分析Data Ana… 阅读全文 生物实验设计原则及需警惕的科研逻辑谬误 普拉特泽生物 实验技术咨询可加VX:18570028002(注明知乎) ...
一般在NCBI上下载高通量测序数据我们一般都是下载的.sra格式的数据(NCBI也可以直接下载fastq格式的数据,但是依然会出现下载中断的情况)EBI是直接储存fastq格式数据 在EBI的Gene Expression中查找高通量测序数据,右边的界面里不只包含高通量测序的内容,还包括了基因芯片等数据。 我们以宏基因组测序数据为例,点击宏基因组,...
1、转录组序列拼接的技术方法 2、常用软件及转录组个性化组装的技巧 3、使用R语言相关的软件包对转录组学的高通量测序数据进行分析。讲解差异表达分析,GO分析,Pathway分析,聚类分析等。 4、讲解如何绘制表达量的热图等 转录组拼接组装(上机操作) 1、转录组组装的流程介绍 2、原始测序数据的预处理 3、介绍Trinity的...
3.对于转录组测序的移除rRNA问题,由于原核生物,病毒的mRNA无ployA,所以对于这两种生物的测序(病毒是测感染宿主后)都是通过移除rRNA策略完成。4.对于链特异性测序,虽然讨论也没有讨论出一个最出色的结果,但是如果遇到了这种测序数据需要分析,在组装或者定量的软件中都有对应的参数选择是否是链特异性测序。5.对于是先...
主要从事生物信息学研究,包括基因组信息分析、基因表达调控信息分析、生物分子序列特征研究、生物医学文献挖掘等。承担过多个国家自然科学基金、国家863 计划以及省部级科研项目,主持研制出“分子电子学虚拟信息服务系统”、“高密度基因芯片设计”、“基因...
如您所知,近年来,以基因组科学为代表的研究工作和技术平台先后获得各项资助,如国家863计划、973计划、中国科学院知识创新工程、国家重大攻关项目、自然科学基金等。为了辅助广大科研工作者掌握高通量测序技术原理、实验设计以及后期数据分析技能,我中心特举办此“实用生物信息学研讨班”。
测序和芯片数据二次分析与文章发表应用 1、利用DAVID免费在线分析工具进行基因功能分析,结果解读;2、基于String、DIP等数据库的蛋白质相互作用分析与图形可视化;3、利用Cytoscape 绘制生物分子交互作用复杂网络图、生物学通路的方法及技术应用;4、利用ENCOLD、RegulomeDB对疾病突变位点进行功能性分析;5、利用R的绘图命令绘制...
正因为SAM文件的出现使得后来在NGS分析中序列比对的比对信息储存格式标准化。所以不管你现在是做RNAseq还是WGS亦或是其他组学分析如宏基因组等,只要涉及到对高通量数据进行序列比对,就会出现SAM文件。但是,SAM文件因其占用磁盘空间很大,非常不利于数据的储存。李恒大神由在SAM的基础上开发了BAM储存的方式,储存信息和SAM...