在这篇文档中,我们将详细介绍宏基因组和宏转录组的概念、研究方法、应用和挑战等方面,希望能对读者有所启示。 一、宏基因组的概念和研究方法 宏基因组指的是对整个微生物群落(甚至包括整个生态系统)的基因组进行研究。和传统分子生物学研究中只针对单个物种或单一基因的研究不同,宏基因组可以同时研究到各种微生物(...
宏转录组可以研究在特定条件下,环境/组织样本中所有的微生物的RNA的集合,利用高通量测序,可以直接获得样本中所有微生物转录组信息,能够从转录水平研究复杂微生物群落变化,挖掘潜在的新基因。 差异基因GO富集柱状图 三个技术比较如下: 如果说扩增子是初...
宏转录组可以研究在特定条件下,环境/组织样本中所有的微生物的RNA的集合,利用高通量测序,可以直接获得样本中所有微生物转录组信息,能够从转录水平研究复杂微生物群落变化,挖掘潜在的新基因。 差异基因GO富集柱状图 三个技术比较如下: 如果说扩增子是初步探究样本种微生物群落分布,宏基因组则能更加全面揭示群落物种的功能...
对这些样本进行宏基因组(n = 194)和宏转录组(n = 180)测序,并将测序结果映射到VIRGO,这是一个非冗余的、全面的阴道微生物组基因目录,以确定宏基因组和宏转录组的分类组成(图1)。宏基因组组成代表菌群的相对丰度,而宏转录组组成代表菌群的相对活性(附表1)。 研究人员首先确定一个物种的相对丰度是否与其相对转...
宏基因组测序(Metagenomics Sequencing) 宏基因组(Metagenomics)又称元基因组,或称环境基因组,是指同时被研究的整个微生物群落的DNA。宏基因组测序,是对特定环境样品中的微生物群体的基因组(尤其是那些种类众多的难于培养的微生物),进行序列测定。通过宏基因组测序可以进行功能基因的发掘,分析微生物群体基因组成及功能...
1宏基因组与宏转录组 1.1宏基因组 宏基因组(Metagenome)一词由Jo Handelsman等于1998年研究土壤微生物群落时首次提出。宏基因组技术通过收集环境样品,提取样品微生物(包括全部的可培养与不可培养微生物)的总DNA,构建宏基因组文库,从基因组文库中筛选功能基因或直接进行高通量测序分析,来研究群落中物种多样性及挖掘功能...
宏基因组、宏转录组、代谢组和蛋白组是当前生物大数据研究领域中的热门话题,它们代表了生物学研究在不同层面上的探索和解析。而随着生物技术的不断发展和更新,这些研究领域也逐渐展现出更加丰富和多样的特点。 在宏基因组方面,随着高通量测序技术的发展,越来越多的微生物基因组数据被开展了研究,揭示了微生物群落在不...
宏转录组测序可原位研究特定生境特定时空下微生物群落中活跃菌种的组成以及活性基因的表达情况。结合理化因素的检测,宏转录组可研究多样本间由于理化等指标的差异,时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。结合宏基因组测序,宏转录组测序可研究活跃菌种以及高...
1宏基因组与宏转录组 1.1 宏基因组 宏基因组(Metagenome)一词由Jo Handelsman 等于1998 年研究土壤微生物群落时首次提出。宏基因组技术通过收集环境样品,提取样品微生物(包括全部的可培养与不可培养微生物)的总DNA,构建宏基因组文库,从基因组文库中筛选功能基因或直接进行高通量测序分析,来研究群落中物种多样性及挖...
宏转录组可以研究在特定条件下,环境/组织样本中所有的微生物的RNA的集合,利用高通量测序,可以直接获得样本中所有微生物转录组信息,能够从转录水平研究复杂微生物群落变化,挖掘潜在的新基因。 差异基因GO富集柱状图 三个技术比较如下: 如果说扩增子是初步探究样本种微生物群落分布,宏基因组则能更加全面揭示群落物种的功能...