一、启动子 Promoter 启动子是基因转录的特定DNA区域,通常位于基因转录起始位点的5‘端上游,长度约为100-1000bp。在转录过程中,RNA聚合酶和转录因子能够识别并特异性结合到启动子的特有DNA序列(通常为保守序列),从而启动转录。 启动子本身并不转录,也不直接控制基因的活动,而是通过与转录因子的结合来调节转录过程。
1. 查找基因的启动子区域-NCBI 1. 打开PubMed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 2. 选择Gene,输入IL17A,点击search,结果如下图,点击第一个: 3. 下拉到下图位置,可以看到该基因的以下信息: 点击Tools,选择Sequence Text View: 还可以看到如下序列信息: 4. 以上只是该基因的一些信息,可以用于查找相应的U...
用于预测给定基因组序列中启动子区域的TSS-TLS临界值如下图所示,横坐标GC含量,纵坐标平均自由能 2.本地化 PromPredict_mulseq:适用于基因启动子预测 PromPredict_genome_V1:适用于10M以内的基因组进行启动子预测 PromPredict_genome_V2:适用于大于10M的基因组进行启动子预测 wget --no-check-certificate https://...
1. 获取靶基因启动子 这里我们主要使用NCBI数据库查找基因启动子序列，一般认为启动子位于基因转录起始位点上游2000bp的范围，这里以人源的CD274为例，查询操作如下：在NCBI搜索CD274的基因信息。点进去后下拉到“genomic context”看到CD274在基因组中的方向为正向。这里需要注意基因转录方向是正向还是反向，这一点与...
首先,我们需要找到lncRNA的启动子序列。 打开UCSC数据库: 举例:HOTAIR 输入:HOTAIR 点击GO 点击红色的那个序列 得到这么一个图,点击红色框, 继续点击, 得到这个界面,我们需要修改一些参数:转录起始位点上游2000nt和下游100nt区域为我们所选的启动子区。
启动子是基因调控的关键结构,帮助细胞决定哪些基因应该被激活或关闭。因此,准确地识别和预测启动子元件是基因转录调控研究领域的一个重要问题。 启动子元件是指参与启动基因转录的DNA序列。在转录调控的过程中,启动子元件通过与一些蛋白质因子(如RNA聚合酶和转录因子)相互作用,并促进基因的转录。根据这些启动子元件的不...
methprimer是一种用于预测DNA甲基化和启动子结构的工具。它能够根据DNA甲基化的信息和启动子的序列特征,预测目标基因的启动子区域和甲基化位点。methprimer可以帮助研究人员快速准确地分析启动子的甲基化状态,从而深入了解基因调控的机制。 4. methprimer的使用步骤 步骤1:准备输入数据 在使用methprimer之前,需要准备目标基因...
基因增强子分析 (1) 识别转录因子结合位点的调控特异性组合 05:44 基因增强子分析 (2) 用 Fantom5 数据库分析组织或细胞类型特异性启动子 03:10 年轻脑脊液通过 Fgf17 恢复老年小鼠少突胶质细胞生成记忆 (研讨会录制视频) 46:38 geneXplain 平台中的 RNA-seq 预处理:质量控制 04:44 geneXplain 平台中的 ...
首先,它只改变了基因序列中的启动子,而启动子只是能够影响基因表达的几种序列之一。它并没有对编码区序列的变异进行研究,编码区突变也可以影响基因表达产物。其次,本预测系统针对酵母开发,而酵母中的基因调控远没有人类中的复杂。例如,酵母中的调控DNA通常距被调控基因只有几百个碱基对的距离,而动物中这一距离可能...
首先，利用UCSC和PROMO数据库。从UCSC数据库开始，以HOTAIR为例，找到其启动子序列。在PROMO中，设定转录起始位点上下游的区域作为启动子，然后搜索可能的转录因子。我建议设置高精确度，以得到更精确的结果，如容错率5%或0%。另一种方法是直接通过GENECARDS数据库。输入HOTAIR，查看其相关转录因子预测。