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获得基因组后可以进行的主要比较分析之一是可视化与密切相关物种的同线性。基因组的许多特征可以通过良好的点图轻松突出显示。可以从这些点图中识别结构变化,例如倒置、删除、重复和插入。 基因组点图(Genome Dot Plot)是一种用于比较两个或多个基因组的工具。它通过在一个二维矩阵中绘制基因组序列的相似性来显示基因...
CGView Comparison Tool (CCT)是一个可用于可视化比较细菌、质粒、叶绿体或线粒体基因组序列的软件包。CCT采用BLAST对一个参考基因组和数量不限的来自同一菌种不同菌株的基因组进行比较,并以圈图的形式把所有的基因组都展示出来,这个圈图可以显示序列特征、基因和蛋白质名称、基因的COG分类信息和序列组成特征。并且,C...
PlotHiC是一个专为 Hi-C 数据可视化分析而设计的 Python 包。Hi-C 技术是一种能够检测染色体三维结构的实验方法,它能揭示 DNA 在细胞核内的三维组织结构。为了更好地展示和解释这些复杂的数据,PlotHiC 可以帮助用户方便地绘制Hi-C 数据的热图。 优势 仅使用.hic文件,无需merged_nodups.txt,仅5秒即可出图 可...
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我是包子 铜虫 (正式写手) 应助: 1 (幼儿园) 金币: 3216.6 散金: 1500 红花: 5 帖子: 896 在线: 150.2小时 虫号: 1700477 注册: 2012-03-18 性别: GG 专业: 生物信息学[交流] 基因组可视化数据做图(突变分布图)已有1人参与 想咨询下,这个图是用什么包画的?没找到诶,有哪位好心人告知一下啦,小...
怎么说呢?这是一个以图形泛基因组作为参考的基因组比对的浏览器,提供从区间提取到可视化的一站式服务。还支持利用Pair-end信息过滤False-Positive tracks or Segements in Graph(其实就是是提供reliable比对区间的参考的意思)。 1674462209256.jpg 针对现在比较多图形泛基因组都会做群体PAV的一个分型,我们也集成些方法...
这是博客改版的第一篇博文,选择最近使用的生物信息学软件——circos开始写起。circos是用perl写的生物软件,从发表的文章来看 学习circos主要是熟悉配置文件的编辑方法,搞清楚其中的标签、参数的含义。只有完全清楚了这些东西才能够轻松自如的让circos绘制出主要用于基因组序列的可视化(绘制基因组圈图),至少目前我是用来干...
很多时候我们都需要画chip的峰图,而pyGenomeTrack(https://pygenometracks.readthedocs.io/en/latest/index.html)能够方便的帮我们完成这项工作。 在用pyGenomeTrack画峰图之前,我们需要几项准备工作: 注释基因(UCSC) 1.将gtf文件转化GenePred 文件 gtfToGenePred -genePredExt -geneNameAsName2 genes.gtf genePredName...
基因组世界不缺乏可视化工具。但随着新的方法和数据类型的出现,现有技术可能难以应对。最近,一种被称为Gosling的工具帮助生物信息学家创造出可以显示基因组信息的应用程序,其灵活程度与开发人员从其他图形编程工具中获得的期望值相同。 | 生命奥秘