方法1:SWISS-MODEL(https://swissmodel.expasy.org/interactive) SWISS-MODEL算是最常用的同源建模工具了吧?至少之前是,之前也是我最常用的建模工具,原因很简单:速度相当快,操作也极其简单。本篇文章送给还不会用SWISS-MODEL的人。所以希望能对看到的人有些帮助。 打开网址应该是如图所示的界面 你可以像我这样填写,...
在SWISS-MODEL 中,默认建模工作流程包括以下主要步骤:输入数据、模板搜索、模板选择、模型构建和模型质量评估。 首先我们从NCBI数据库中获取蛋白质的结构序列,为了贴合本篇文章主题,关于数据库的使用将会在其他篇中介绍。 进入SWISS-MODEL网站后,点击 “Strat Modelling”开始 然后将氨基酸序列粘贴到框中,也可以通过单击"...
Swiss-model同源建模 GMQE（GlobalModelQualityEstimation）是一种基于目标模板对准结合性质的质量估计，数值在0-1之间，越接近于1表示模型越接近实验结果。序列与模板相似度，>30%模板可用 QMEAN(QualitativeModelEnergyAnalysis)QMEAN对模型的质量估计是基于蛋白模型的局部和全局计分，包括四个结构描述符：Allatom：成对...
同源建模:modeller建模和swiss-model评价共计4条视频,包括:[HOMOLOGY MODELING] BASIC MODELING with modeller、Bioinfo Lec 1 Modeller Protein Structure Prediction Using Modeller、Bioinformatics Modeller Lecture 2 Predicting the Protein's mutated structure等
《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） 计算方法预测三级结构：同源建模法SWISS-MODEL 预测蛋白质三级结构的首选方法是同源建模法（homolog modeling）。该方法基于原理：相似的氨基酸序列对应着相似的蛋白质结构。比如三个蛋白质，它们在序列水平上十分相似，解析出的结构也十分相似。第四个蛋白质的...
计算方法预测三级结构 - 2. 同源建模法SWISS-MODEL-视频。听TED演讲,看国内、国际名校好课,就在网易公开课
打开SWISS-MODEL网站：http://swissmodel.expasy.org/，选择“Template Identification，提交蛋白质序列进行模板识别，如图所示，注意：邮箱必填，名称随便填写，序列粘贴过去就行，下面会有很多选项，建议不知道的不要乱动，直接提交（Sbumit）吧。这个东东跟BLAST差不多，你等它自动刷新吧，它会返回结果的，在结果页面...
在同源建模预测蛋白质三维结构（SWISS-MODEL与Pymol的零基础教程）中，我们首先通过在线Swiss-model预测目标蛋白的三级结构，下载pdb文件，并从PDB数据库中找到同源蛋白结构。接着，使用Pymol软件处理pdb文件，通过设置颜色和标签，突出显示活性位点。对比分析时，我们打开多个同源序列，调整为球棍模型，并进行...
利用同源建模预测蛋白质的三级结构首先声明一下,以下纯属个人观点,方法步骤仅供参考,不可作为规范标准, 结果出来之后请自行分析结果。我用的是SWISSMODE同源建模的方法进行的蛋白质高级结构预测,其实 这个方法是有限制条件的,不过作为一个选
SWISS-MODEL: 提交方式SWISS-MODEL 是一个自动化的蛋白质比较建模服务器, 可以通过 ExPASy 服务器的web 界面免费访问:http://swissmodel.expasy.org或通过程序 DeepView(Swiss Pdb-Viewer)访问。 DeepView 是一个整合工具, 用于观察和分析蛋白质结构和模型。 ( http://www.expasy.org/spdbv )该服务器提供用户...