单细胞之富集分析-2:批量GSEA和GSVA分析 单细胞富集分析我最常用的是分组GSVA,但最近用到了GO分析,就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图。 1. 数据集准备 library(Seurat)library(patchwork)library(clusterProfiler)library(org.Mm.eg.db)##加载小鼠library(org.Hs.eg.db)##加载人类library(tidyverse) ...
1. 在单细胞富集分析中，我常用的是分组GSVA方法，但最近有接触到GO分析，因此回顾一下GO和KEGG富集分析及其绘图过程。2. 首先，我们载入熟悉的pbmc.3k数据集，这个数据集已经完成注释，数据准备过程可见于monocle教程。需要注意的是，pbmc3k数据集只包含一个样本，因此无法区分健康对照（HC）和病例组。3...
单细胞富集分析我最常用的是 分组GSVA ，但最近用到了GO分析，就复习一下GO和KEGG富集分析及绘图。载入无比熟悉的pbmc.3k数据集 (已注释好，数据准备见 monocle )pbmc3k数据集只有1个样本，没办法区分HC和病例组。若有分组，可以使用subset函数将某种细胞取出，来做这种细胞病例组和对照组相比的差异基...