然后我们在可视化菜单中就获得了名为5vcv的文件,右键所需文件并选择split功能将文件分离成由水分子、蛋白质分子和小分子组成文件夹。 紧接着我们选择分离出的达沙替尼分子,即文件夹中的1N1 404文件,右键后选中quick prepare功能,将文件格式转换成mol2格式。 在菜单栏中选择Function-Docking,右侧将会弹出Docking相对应...
确认蛋白、配体以及对接盒子; 设置打分函数(Scoring Function)、搜索模式(Search Mode)、保留的结果数量(Number of Results to Keep);打分函数我们选择Vina;“Keep Multi Binding Poses for Each Ligand”:每个配体生成多个构象;“Number of Binding Pose”:生成的构象1个;“Energy Range (kcal/mol)”:选择最优的打...
1️⃣ 收集结构:首先,获取蛋白质和小分子的三维结构。蛋白质结构可从PDB等数据库获取,小分子结构则可通过化学软件或数据库获取,或自行绘制。2️⃣ 预处理结构:对蛋白质和小分子进行预处理,如去除水分子、添加氢原子、修复缺失的原子等。3️⃣ 选择对接软件:根据需求和计算资源选择合适的对接软件,如AutoD...
首先,获取蛋白质和小分子的三维结构。蛋白质结构可以从蛋白质数据银行(PDB)或其他蛋白质结构数据库中获取。小分子结构可以通过化学软件或数据库获得,也可以通过药物分子的化学结构绘制软件自行绘制。 预处理结构 🔧 对蛋白质和小分子的结构进行预处理,包括去除水分子、添加氢原子、修复缺失的原子等。 选择对接软件 ...
本研究拟利用分子对接技术研究小分子-蛋白质相互作用,具体研究内容如下: 1.选取相关的小分子和蛋白质分子,构建它们的三维结构模型。 2.运用分子对接软件,进行小分子-蛋白质的分子对接计算,并得到相应的模拟结果。 3.对模拟结果进行分析,评估小分子在蛋白质分子上的结合亲和力、结合方式等因素,并筛选出可能的药物分子...
结合能计算:我们还可以为您计算小分子与蛋白质的结合能,提供更精确的数值结果。 价格优惠:一个蛋白加一个化合物的结合能计算服务仅需8元,而整体图和局部图的可视化呈现服务也仅需7元。通过这些服务,您可以更好地理解分子对接的过程和结果,为后续的科研工作提供有力支持。
蛋白质与小分子间的相互作用与识别过程是如今研究的热点,而基于生物信 息学的 分子对接技术则是研究这一问题的有效手段。分子对接就是找到配体与受体 在其活性区 域相结合时能量最低的构象。 分子对接方法面临着两大基本问题需要解决:一是评价配体和受体之间结合 ...
具体操作流程如下：第一天：上午，背景与理论知识以及工具准备，包括PDB数据库的介绍和使用、Pymol的介绍与使用、notepad的介绍和使用。下午，一般的蛋白-配体分子对接讲解，包括对接的相关理论介绍、常规的蛋白-配体对接、以新冠病毒蛋白主蛋白酶靶点及相关抑制剂为例。第二天：虚拟筛选，包括小分子数据库的...
对这些3D结构进行预处理和结构优化。开始分子对接之前，我们需要准备蛋白质和小分子的3D结构，分子对接小分子和蛋白质距离很远需要对这些3D结构进行预处理和结构优化，以便进行合理可靠的分子对接。
首先加工处理小分子ad_ligand.pdb 给小分子加H原子 给小分子加电荷 加工完成后指定为要对接的ligand 自动确定扭矩中心 确定对接过程中键的旋转与否,绿色为可旋转。 加工完成,将加工结果保存为pdbqt文件。 接下来处理蛋白质分子 先把刚才载入的小分子删除