Biomolecular dynamics with machine-learned quantum-mechanical force fields trained on diverse chemical fragmentsDOI：10.1126/sciadv.adn4397背景分子动力学（MD）模拟是研究化学和生物过程中原子运动的重要工具，它能够提供分子特性和功能的机制洞察，并详细解释实验研究。然而，精确的MD模拟需要昂贵的量子力学计算，这...
目前最新版Discovery Studio 支持GPU 加速的分子动力学模拟,是NAMD 使用8 个CPU 核进行并行计算速度的9 倍。为了研究时间尺度更广的生物学过程,DS CHARMm 还支持拉伸分子动力学模拟,可动态研究配体的去结合过程、通道蛋白中离子/ 配体的拉离过程以及蛋白的去折叠过程及构象的变化,预测受体- 配体结合自由能。 DS Ana...
在这里,普林斯顿大学Emily A. Carter等人通过密度泛函理论分子动力学和嵌入波函数理论计算来阐明水性Ca2+和Mg2+的脱水动力学。 计算方法 本文中的从头算分子动力学(AIMD)模拟是使用修正的PBE(revPBE)交换关联(XC)泛函和维也纳从头算模拟包(VASP)进行的,而Mg和Ca的s、p价态采用自洽计算进行优化,以及Cl、O和H是用...
突破目前用气态单分子和晶体预测溶液下AIE分子发光性质的瓶颈。 本项目特色和创新之处 运用分子动力学(MD)模拟、量子力学和分子力学相结合 (QM/MM)方法实现溶液和无定形固体状态下AIE分子发光光谱 的预测,既利用MD模拟实现大尺度溶液和固态的真实聚集行为 (采样),还利用运用量子力学和分子力学相结合(QM/MM)方 法...
对自主构建的抚顺油页岩干酪根二维结构模型进行能量最小化分子动力学模拟,通过能量最优化过程得到干酪根初始优化结构.在此基础上进行分子动力学退火模拟,获得全局能量最优化构型,即油页岩干酪根分子三维结构模型.基于密度泛函理论的量子力学模拟方法,计算分析干酪根三维结构模型的动力学,键能,键级,电荷密度等参数,分析化学...
Vasp 用于电子结构计算和量子力学、分子动力学模拟,是材料模拟和计算物质科学研究中最流行的软件。LAMMPs 是一款开源的分 子动力学模拟软件,支持多种粒子类型和力场,适用于原子、聚合物、生物分子、金厲、颗粒等系统的模拟。CP2K 是开源的量子化学和固态物理软件,主要用于模拟固体、液体、分子、晶体和生物系统的物理...
Spartan 分子计算建模软件! Spartan是一款分子计算建模软件,用于分子建模、模拟和计算化学分析。它提供了强大的分子力学、量子力学和分子动力学计算工具,可用于研究分子结构、反应动力学、能量优化以及性质预测等方面。Spartan具有 - 北京睿驰科技于20230708发布在抖音,
东南大学量子力学与分子动力学模拟软件包,公告日期:2017年10月23日,查看该项目信息详情请访问剑鱼标讯官网。
分子动力学(MD)模拟是研究化学和生物过程中原子运动的重要工具,它能够提供分子特性和功能的机制洞察,并详细解释实验研究。然而,精确的MD模拟需要昂贵的量子力学计算,这对于大型系统来说是不切实际的。因此,通常使用经验力场(FFs),它们虽然计算效率高,但准确性有限,因为它们忽略了重要的量子力学效应。机器学习力场(MLF...
然而,对含水Ca2+和Mg2+阳离子脱水的原子尺度理解仍然有限。在这里,普林斯顿大学Emily A. Carter等人通过密度泛函理论分子动力学和嵌入波函数理论计算来阐明水性Ca2+和Mg2+的脱水动力学。 计算方法 本文中的从头算分子动力学(AIMD)模拟是使用修正的PBE(revPBE)交换关联(XC)泛函和维也纳从头算模拟包(VASP)进行的,而M...