分子动力学模拟要求组成系统的原子的运动符合经典力学定律。为了得到原子的运动轨迹,必须求解运动方程,此时要运用有限差分法的思想,其基本思想是用离散的、只含有有限个未知数的差分方程代替连续的常微分方程,…
分子动力学模拟算法框架 技术背景 分子动力学模拟在新材料和医药行业有非常重要的应用,这得益于分子动力学模拟本身的直观表述,用宏观的牛顿力学,结合部分微观的量子力学效应,就能够得到很好的符合统计力学推断的结果。可以说,分子动力学模拟从理论上跨越了物理化学生物等多个学科,而从实践上又包含了计算机科学、人工智能...
4.1 分子动力学思想 4.2 分子动力学模拟算法 4.2.1 初始化 4.2.2 计算力 4.2.3 积分运动方程 封面图片PID:110029684(侵删) 上一节: Harogenshi:【从算法到应用理解分子模拟】3 蒙特卡洛算法试验移动5 赞同 · 0 评论文章 本文是《Understanding Molecular Simulation From Algorithms to Applications》第三版的学习...
分子动力学模拟算法框架 技术背景 分子动力学模拟在新材料和医药行业有非常重要的应用,这得益于分子动力学模拟本身的直观表述,用宏观的牛顿力学,结合部分微观的量子力学效应,就能够得到很好的符合统计力学推断的结果。可以说,分子动力学模拟从理论上跨越了物理化学生物等多个学科,而从实践上又包含了计算机科学、人工智能...
本文介绍了三款常用的分子动力学模拟应用中的GPU加速算法,分别代表三种不同程度的GPU适配思路。其中,LAMMPS的GPU版本基本直接沿用了CPU上的算法,只是利用GPU的高度并行能力对其中的计算密集部分进行加速。而GROMACS和OpenMM则将CPU版本中的底层数据结构和计算逻辑进行了大刀阔斧地改造,以更好地发挥GPU的硬件特性。另外,Ope...
用一种比较形象的说法就是,在两个原子之间加了一根没有质量的柱子限制两者的相对运动。如下所示是SETTLE算法的实现,先不加约束的位移一步,然后再把约束加进去,同时对坐标和速度进行更新: 6 结果输出与增强采样 经过上面的步骤,我们其实已经完成了一步的分子动力学模拟,如果此时达到了结果输出的点,应该将坐标轨迹...
答:算法:根据时间t算出t+dt时的位置r(t+dt)和速度v(t+dt) 先把对应时间t+dt的位置r(t+dt)用泰勒公式展开: 同事把对应时间t-dt的位置r(t-dt)也用泰勒公式展开: 将两个式子相加得到: 两个式子相减得到: 一般步骤: 给定条件参数(温度、粒子数、时间等); 体系初始化(初始位置和速度); 计...
在上一篇文章中,我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现。约束算法,在分子动力学模拟的过程中时常会使用到,用于固定一些既定的成键关系。例如LINCS算法一般用于固定分子体系中的键长关系,而本文将要提到的SETTLE算法,常用于固定一个构成三角形的体系,最常见的就是水分子...
GROMACS分子动力学模拟软件入门(能量最小化、NVE驰豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟) 7613 1 21:26 App 【CADD】从入门到发SCIENCE:基于Gromacs的蛋白小分子动态模拟全过程解析(内含md.mdp参数文件详解、Linux常用命令) 8576 0 23:31 App 高水平SCI论文必备绘图神器:VMD【LAMMPS】水分子、盐溶液三维结构分子...
分子动力学(Molecular Dynamics, MD)模拟是一种计算机模拟技术,它基于经典的牛顿力学原理,计算系统中粒子的受力、速度和坐标,从而得到粒子在运动过程中的详细信息,进而获得系统演化的微观细节和系统宏观量。作为原子尺度的模拟技术,MD是一种探索微观世界的有力工具,广泛地应用于物理、化学、生物和材料科学等领域。