分子对接是指通过计算机模拟,将药物分子与靶点分子之间的相互作用进行预测和分析的过程。而分子动力学模拟则是通过计算机模拟,模拟分子在一定时间内的运动状态,以研究分子在空间结构和动力学行为上的性质。 分子对接是药物研发中的一项重要技术,它可以帮助科学家预测和优化药物分子与靶点分子之间的结合能力。药物研发的过程...
分子对接(Molecular docking)与分子动力学模拟(Molecular dynamics simulation)是计算生物学中重要的一部分,在生物学研究中不断发挥着重要的作用。分子对接与分子动力学技术可以深入地阐述分子间的相互作用,并可以形象地解释相互作用的机理,特别是在药物开发中有着重要的应用,目前已经成为阐述生物学机理的重要研究方法。分子...
CADD计算机辅助药物设计设计流程,让学员能够掌握包括PDB数据库、靶点蛋白、蛋白质-配体、蛋白-配体小分子、蛋白-配体结构、notepad的介绍和使用、分子对接、蛋白-配体对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白对接、蛋白-多糖分子对接、蛋白-水合对接、Linux...
我认为分子对接和分子动力学模拟作为生物化学领域的重要研究方法,其优势在于能够在计算机模拟和实验研究相结合的基础上,为生物分子的结构、功能和相互作用机制提供深入理解。在未来的生物化学研究中,分子对接和分子动力学模拟必将发挥更加重要的作用,为药物研发、疾病机制研究等领域带来更多突破性的进展。 6. 总结 分子对接...
该文从分子模拟的概念出发,首先介绍了分子对接、分子动力学和量子力学3种分子模拟技术的基本原理,重点综述了分子对接技术(基于AutoDock和Discovery Studio软件)、分子动力学技术(基于GROMACS和Materials Studio软件)和量子力学技术(基于Gaussian软件)...
分子力场:描述分子内部和分子间相互作用的一套数学方程和参数化的模型。 1、描述分子内键合作用 1.1 包括键长、键角、二面角等局部几何参数的描述 1.2 通过简单的数学函数拟合实验测量或理论计算得到的数据 2、模拟分子间非键合作用 2.1 范德华力、氢键、静电作用等中长程相互作用的计算 2.2 使用合适的势能函数和参...
Easy2MD分子模拟是一键式分子动力学模拟平台,不需学习分子模拟知识即得到分子模拟结果。Easy2MD is a molecular dynamics simulation platform that easy to do MD without learning MD knowledge.
Kokumi肽可能类似于色氨酸不能单独激活CaSR,但可以在Ca2+存在下促进受体激活。分子对接和分子动力学模拟均表明氢键、静电相互作用和疏水相互作用是kokumi肽与CaSR之间的主要作用力。分子对接技术可用于分析多个kokumi肽,选择与CaSR结合最好的肽,然后选择得分最高的肽进行进一步分析,该方法也可应用于kokumi肽的筛选。
分子对接与分子动力学模拟 分子对接与全局最优化方法 分子对接 配体-受体的相互作用结合自由能的理论计算优化方法 配体与受体的相互作用 生理过程与其有关生物大分子与大分子之间小分子与生物大分子之间蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间 结合自由能的理论计算 静电相互作用...
5. 分子对接 作者的CMap分析只得到了筛选出的十个常见基因的一个结果。然后选择了PLK2进行进一步分析。总共确定了三个药物靶点,可以对蛋白质PLK2产生生物学变化。分子对接的结果显示在图6中。 图6 PLK2与3个药物靶点的分子对接 6. 分子动力学模拟 选择了最佳的对接复合物(PubChem ID: 11364421)。对接蛋白的运动...