二代测序reads数据格式二代测序(如Illumina HiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识别(Base Calling)分析后,会转化为原始测序序列(Sequenced Reads),也被称为Raw Data或Raw Reads。这些结果以FASTQ(简称为fq)文件格式存储,其中包含测序序列(reads)的序列信息以及其对应的测序质量信息。在FASTQ格式文件...
首先,查看数据质量(fastqc),下载fastqc并安装,使用fastqc [options] SRR227386.fastq可视化此二代测序数据的质量。 打开生成的html文件,得到可视化的质量评估图表,如下图所示。 数据质量很差,因此,下一步,我们使用NGSQCToolkit过滤低质量的reads。 NGSQCToolkit是低质量reads的过滤软件,软件包中包含4个文件夹,分别是Q...
1) 去除由于测序仪器硬件原因产生的信号强度极端的reads；2) 去除总体质量偏低的reads，即Q=20碱基比例小于50%的reads，其中，Q=-10logerror_ratio；3) 去除3’端质量Q低于10的碱基，即碱基错误率为0.1；4) 去除reads中含有的模糊的N碱基，可能是由于测序荧光强度不够造成；5) 去除reads中含有的接...
1) 去除由于测序仪器硬件原因产生的信号强度极端的reads;2) 去除总体质量偏低的reads,即Q=20碱基比例小于50%的reads,其中,Q=-10logerror_ratio;3) 去除3’端质量Q低于10的碱基,即碱基错误率为0.1;4) 去除reads中含有的模糊的N碱基,可能是由于测序荧光强度不够造成;5) 去除reads中含有的接头序列;6) 去除长度...
百度试题 题目哪种测序技术的reads长度只有几十个到数百个bp A.sangerB.第二代C.第三代D.第四代相关知识点: 试题来源: 解析 B 反馈 收藏
在RNA测序数据分析中,由于可变剪切的存在,对reads进行splice比对是至关重要的。推荐使用 hisat2 和 STAR 这两个工具进行splice比对,适合处理二代测序RNA 发布于 2024-06-03 17:07・IP 属地云南 写下你的评论... 还没有评论,发表第一个评论吧 登录知乎,您可以享受以下权益: ...