简单来说,impact值表征代谢物在代谢通路里的拓扑结构重要性,由于一般代谢通路中涵盖的代谢物都较多,故impact值都偏低,单个或几个样本对该通路的影响都不会太大;P-value值表征代谢通路的差异显著性,P-value< 0.05的代谢通路差异显著,相对更有意义。与转录组结果相比,代谢组结果中代谢物相对较少,所以相应的富集到的...
但是,实验如果只是停留在标记物的阶段,恐怕已经不能满足我们的需求,所以需要对所选择的标记物进行进一步的验证(代谢组学活性筛选(metabolomics activity screen, MAS)用于发现调节表型的小分子代谢物)。如果要对实验进行深入的研究,则需要我们结合研究本身(如所研究的疾病的发生发...
这些不确定的代谢物是不能用在对结果的生物学意义的分析中的,因为鉴定的代谢物存在错误就会把研究方向误导至错误的代谢通路和网络中。2007年Metabolomics Standard Initiative(MSI)把代谢组学研究中的代谢物鉴定分为四个级别(Tier 1-4):第一级是鉴定的化合物,即基于标...
代谢组学研究中常用的数据库_METLIN 代谢组学研究中常用的数据库_MassBank 代谢组学研究中常用的数据库_LIPID MAPS 代谢组学研究中常用的数据库_NIST 基于GC-MS的非靶向代谢组学以及常用的数据库_NIST 基于GC-MS的非靶向代谢组学以及常用的数据库_GMD 基于GC-MS的非靶向代谢组学以及常用的数据库_FiehnLib 代谢...
使用临床样本进行代谢组学研究大概需要多少样本数量?另外如何控制临床样本的质量? A:代谢组学统计分析对样本重复数有一定统计学要求,对于临床的样本建议每组至少50个生物学重复,并且样本生物重复数越多,其数据结果越科学可靠。如果关于临床样本质量控制,若能从大量样本中遴选出排除其他疾病干扰或者是性别、年龄、BMI指数均...
通过组学间关联仅可获得“相关性”结果,结合大样本量则可进一步去除假阳性结果,得到更接近“因果关系”的信息。这也正是近年来糖尿病、心血管疾病和肠道菌群研究等精准医疗方向课题常引入大样本量检测结果的出发点。代谢组在此类研究中的应用策略可尝试归纳为:“厚积薄发,水到渠成”。
人类代谢组数据库(Human Metabolome Database,HMDB)是由加拿大代谢组学创新中心(The Metabolomic Innovation Centre,TMIC)于2007年创立,被认为是世界上最完整且最全面的人类代谢研究的代谢组资源。 HMDB涵盖了广泛的光谱数据、通路数据、生理和疾病数据,并且能够提供不同类型的高级可视化工具,搜索工具和下载或数据可访问性...
与转录组相比,多组学数据更为复杂,O2PLSDA作为非监督建模方法,可在两个数据矩阵中进行双向建模和预测,利用此分析,可挖掘两组学之间的内部联系,一方面可反映不同数据组间的整体影响,另一方面可直接体现不同变量在模型中的权重(权重越大,意味着该变量的变化对另一个组学的扰动更剧烈),以确定引起这种关联的主要基因或...
非靶向代谢组:通过对样品中所有离子峰的采集,最大程度反映生命体对外界刺激、病理生理变化以及本身基因突变而产生的体内代谢物水平的多元动态反应。 适用于没有明确的研究目标,希望比较样品中代谢物的差异,缩小研究范围的项目。 非靶向脂质组:检测存在于生物基质中的脂质以及各种刺激或干预引起的脂质的变化,分为八大类...
上海谱领生物科技有限公司是一家专注于代谢组学与生物质谱应用技术研发服务的高新技术企业,由国内最早一批开展代谢组学与生物质谱研究的资深科学家团队组建,拥有先进的硬件设备和卓越的技术,并汇聚了理论深厚、经验丰富的高技术专业人才和管理人才。 主要服务产品分为非靶向代谢组学(传统优势服务项目)、精准的靶向定量代谢...