因为在培养的过程中必须要保持无菌环境，所以对要用到的东西，培养基，水还有其它的器皿比如玻璃棒等等进行严格的消毒。这样才能防止培养出来的微生物不受其他细菌或者是病毒的污染。
灭菌的目的是杀死各种侵染性病原菌，杜绝有害微生物的繁殖，从而给杏鲍菇、白灵菇的菌丝生长创造有利环境。而且培养基通过高温灭菌处理，还会从生料转化为熟料，有利于杏鲍菇、白灵菇的菌丝吸收利用。如果灭菌不彻底或造成培养基酸败，将导致接种后杂菌大量污染。