根据《国务院关于修改〈中华人民共和国发票管理办法〉的决定》(中华人民共和国国务院令第587号)第三十六条的规定,丢失发票或者擅自损毁发票的处罚条款是A.由税务机关责令改正
答案解析:纳税人必须严格按《增值税专用发票使用规定》保管使用专用发票,根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条,丢失发票或者擅自损毁发票的,由税务机关责令改正,可以处以1万元以下的罚款;情节严重的,处1万元以上3万元以下的罚款;有违法所得的予以没收。