万福河三期工程起点为新万福河巨野关桥闸下400米，终点为新万福河河口。根据查询相关资料信息，万福河三期工程横跨菏泽、济宁两市五个县区，起点为新万福河巨野关桥闸下400米，终点为新万福河河口，全长61.3千米，菏泽段约20千米，总投资21.24亿元。